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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ieb | ||||||
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タイトル | Structure of RVFV Gn and human monoclonal antibody R15 | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (構造) / RVFV (リフトバレー熱) / antibody (抗体) / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / STRUCTURAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (構造) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell mitochondrial outer membrane / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Rift valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.409 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, Q.H. / Wu, Y. / Gao, F. / Qi, J.X. / Gao, G.F. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019 タイトル: Neutralization mechanism of human monoclonal antibodies against Rift Valley fever virus. 著者: Wang, Q. / Ma, T. / Wu, Y. / Chen, Z. / Zeng, H. / Tong, Z. / Gao, F. / Qi, J. / Zhao, Z. / Chai, Y. / Yang, H. / Wong, G. / Bi, Y. / Wu, L. / Shi, R. / Yang, M. / Song, J. / Jiang, H. / An, ...著者: Wang, Q. / Ma, T. / Wu, Y. / Chen, Z. / Zeng, H. / Tong, Z. / Gao, F. / Qi, J. / Zhao, Z. / Chai, Y. / Yang, H. / Wong, G. / Bi, Y. / Wu, L. / Shi, R. / Yang, M. / Song, J. / Jiang, H. / An, Z. / Wang, J. / Yilma, T.D. / Shi, Y. / Liu, W.J. / Liang, M. / Qin, C. / Gao, G.F. / Yan, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ieb.cif.gz | 277.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ieb.ent.gz | 229 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ieb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/6ieb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/6ieb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23243.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 抗体 | 分子量: 21914.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: タンパク質 | 分子量: 34940.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rift valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス) 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: H9BSP3, UniProt: P03518*PLUS #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.55 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PH6.5, 0.1M Amino acids, 0.1M Buffer System 1, 30.00% v/v P500MME/P20K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 64619 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.991 / Rpim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 18.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / CC1/2: 0.628 / Rpim(I) all: 0.54 / % possible all: 97.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.409→38.56 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.78
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.409→38.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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