[日本語] English
万見
- PDB-6hyt: Crystal structure of DHX8 helicase domain bound to ADP at 2.3 Angstrom -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hyt
タイトルCrystal structure of DHX8 helicase domain bound to ADP at 2.3 Angstrom
要素ATP-dependent RNA helicase DHX8
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / helicase (ヘリカーゼ) / splicing / RNA (リボ核酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


spliceosomal complex disassembly / ATP-dependent activity, acting on RNA / U2-type catalytic step 2 spliceosome / 転写後修飾 / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / RNA helicase activity ...spliceosomal complex disassembly / ATP-dependent activity, acting on RNA / U2-type catalytic step 2 spliceosome / 転写後修飾 / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / RNA helicase activity / nuclear body / ヘリカーゼ / ATP hydrolysis activity / RNA binding / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
DHX8/ Prp22, DEXH-box helicase domain / : / : / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation ...DHX8/ Prp22, DEXH-box helicase domain / : / : / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ATP-dependent RNA helicase DHX8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Felisberto-Rodrigues, C. / Thomas, J.C. / McAndrew, P.C. / Le Bihan, Y.V. / Burke, R. / Workman, P. / van Montfort, R.L.M.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Cancer Research UKC309/A11566 英国
Cancer Research UKC2739/A22897 英国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2019
タイトル: Structural and functional characterisation of human RNA helicase DHX8 provides insights into the mechanism of RNA-stimulated ADP release.
著者: Felisberto-Rodrigues, C. / Thomas, J.C. / McAndrew, C. / Le Bihan, Y.V. / Burke, R. / Workman, P. / van Montfort, R.L.M.
履歴
登録2018年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase DHX8
B: ATP-dependent RNA helicase DHX8
C: ATP-dependent RNA helicase DHX8
D: ATP-dependent RNA helicase DHX8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,38346
ポリマ－307,2904
非ポリマー4,09342
水10,917606
1
A: ATP-dependent RNA helicase DHX8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,78911
ポリマ－76,8231
非ポリマー96710
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ATP-dependent RNA helicase DHX8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,10215
ポリマ－76,8231
非ポリマー1,27914
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ATP-dependent RNA helicase DHX8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,74610
ポリマ－76,8231
非ポリマー9249
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: ATP-dependent RNA helicase DHX8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,74610
ポリマ－76,8231
非ポリマー9249
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.947, 167.576, 137.231
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
ATP-dependent RNA helicase DHX8 / DEAH box protein 8 / RNA helicase HRH1


分子量: 76822.562 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHX8, DDX8 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q14562, ヘリカーゼ

-
非ポリマー , 7種, 648分子

#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 606 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 15% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 100 mM Sodium Acetate, 6%DMSO

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→48.25 Å / Num. obs: 127918 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 53.2 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.33→2.37 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 1.554 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / CC1/2: 0.293 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.33→33.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU R Cruickshank DPI: 0.285 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.274 / SU Rfree Blow DPI: 0.2 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.205
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 6422 5.02 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.189 127850 99.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 66.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.6244 Å20 Å23.428 Å2
2---1.5811 Å20 Å2
3---8.2055 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.33→33.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19267 0 236 606 20109
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0119992HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1527197HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6750SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3389HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it19992HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.99
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.66
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2741SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies11HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance24HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle32HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact23017SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.35 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 109 4.26 %
Rwork0.2108 2448 -
all0.2116 2557 -
obs--99.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.17571.0623-0.07312.5859-0.23231.209-0.1267-0.05130.1466-0.14210.0331-0.0963-0.00440.13340.0936-0.1724-0.0045-0.0104-0.0334-0.0179-0.06424.984510.7918135.3653
21.7473-0.04610.29931.1173-0.48072.2496-0.05210.05780.3298-0.01660.0220.0221-0.1781-0.20690.0301-0.09150.0345-0.0037-0.15470.0058-0.03148.073825.4579123.5597
31.072-0.12820.19840.5891-0.242.911-0.0387-0.22480.31940.08260.0851-0.0701-0.3050.354-0.0464-0.1005-0.0298-0.0345-0.0794-0.1034-0.031514.913529.8614136.7098
41.2787-0.09090.08851.69820.45422.6515-0.1829-0.0818-0.04960.26360.17830.1169-0.13810.01820.0045-0.09750.0962-0.0029-0.08110.0172-0.1296-2.829821.4702157.0364
52.15840.6450.87152.44180.98581.86640.0444-0.1996-0.1269-0.1564-0.06310.15090.0556-0.55420.0187-0.2231-0.064-0.01870.08590.0242-0.1052-4.2161-9.5839134.1756
61.09190.1250.0881.47150.78423.1780.0575-0.0561-0.26870.03850.0087-0.12760.4860.1269-0.0662-0.0255-0.06-0.0163-0.22880.0739-0.088913.772-24.3532123.7693
70.8224-0.2170.07860.55680.40872.80560.0982-0.1623-0.14480.04570.060.03760.5571-0.4952-0.1582-0.0217-0.158-0.0351-0.08590.1259-0.10555.6869-28.9368136.4011
81.39070.27540.0382.6704-0.7613.835-0.25580.1419-0.12830.2560.1629-0.45830.18740.17320.0929-0.22380.07180.0024-0.126-0.015-0.075421.3103-20.1721158.5739
92.6946-0.9210.84692.4106-0.69212.49710.06070.0728-0.1923-0.1074-0.0746-0.1135-0.07350.24330.0139-0.12020.00760.0373-0.02650.0362-0.137829.1673-6.757580.8975
100.7218-0.0287-0.85661.1604-0.93163.23570.05750.0285-0.3291-0.23-0.117-0.09310.5446-0.09770.05960.01730.00690.0101-0.1906-0.0497-0.126116.5932-26.843591.2714
110.2960.3925-0.25320.0549-0.05053.9332-0.03820.1402-0.1517-0.1008-0.0298-0.11350.45920.41950.0680.02520.08760.0445-0.0834-0.05-0.129419.9231-25.518580.7854
120.7911-0.2054-0.09872.01560.81212.244-0.0945-0.02860.001-0.1981-0.0450.1663-0.0048-0.12410.1395-0.0046-0.06970.0056-0.1005-0.0354-0.17237.0251-22.721556.3435
133.1201-0.818-0.38681.89690.51513.0734-0.05230.06990.05650.0026-0.01050.09750.0557-0.3980.0628-0.12090.0229-0.01780.00650.0089-0.1777-3.10227.738279.1849
140.90430.28310.10680.46640.38783.0906-0.08430.26710.1482-0.2001-0.0619-0.0289-0.5559-0.07080.14620.00110.0614-0.0018-0.1470.136-0.15466.628527.046783.5081
151.28020.05460.00181.7669-0.79632.7897-0.1403-0.10720.0111-0.13730.1002-0.1622-0.09320.12730.0401-0.0107-0.0737-0.0044-0.058-0.0405-0.228621.490223.382557.0372
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|555 - 718}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|719 - 825}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|826 - 964}
4X-RAY DIFFRACTION4{A|965 - 1186}
5X-RAY DIFFRACTION5{B|556 - 717}
6X-RAY DIFFRACTION6{B|718 - 825}
7X-RAY DIFFRACTION7{B|826 - 964}
8X-RAY DIFFRACTION8{B|965 - 1189}
9X-RAY DIFFRACTION9{C|556 - 717}
10X-RAY DIFFRACTION10{C|718 - 800}
11X-RAY DIFFRACTION11{C|801 - 964}
12X-RAY DIFFRACTION12{C|965 - 1188}
13X-RAY DIFFRACTION13{D|556 - 717}
14X-RAY DIFFRACTION14{D|718 - 964}
15X-RAY DIFFRACTION15{D|965 - 1187}

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る