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Yorodumi- PDB-6hys: Crystal structure of DHX8 helicase domain bound to ADP at 2.6 angstrom -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6hys | |||||||||
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Title | Crystal structure of DHX8 helicase domain bound to ADP at 2.6 angstrom | |||||||||
Components | ATP-dependent RNA helicase DHX8 | |||||||||
Keywords | RNA BINDING PROTEIN / Helicase / Splicing / RNA | |||||||||
Function / homology | Function and homology information spliceosomal complex disassembly / ATP-dependent activity, acting on RNA / U2-type catalytic step 2 spliceosome / RNA processing / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / RNA helicase activity ...spliceosomal complex disassembly / ATP-dependent activity, acting on RNA / U2-type catalytic step 2 spliceosome / RNA processing / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / RNA helicase activity / nuclear body / RNA helicase / ATP hydrolysis activity / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | |||||||||
Authors | Felisberto-Rodrigues, C. / Thomas, J.C. / McAndrew, P.C. / Le Bihan, Y.V. / Burke, R. / Workman, P. / van Montfort, R.L.M. | |||||||||
Funding support | United Kingdom, 2items
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Citation | Journal: Biochem.J. / Year: 2019 Title: Structural and functional characterisation of human RNA helicase DHX8 provides insights into the mechanism of RNA-stimulated ADP release. Authors: Felisberto-Rodrigues, C. / Thomas, J.C. / McAndrew, C. / Le Bihan, Y.V. / Burke, R. / Workman, P. / van Montfort, R.L.M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6hys.cif.gz | 983.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6hys.ent.gz | 815.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6hys.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/6hys ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/6hys | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6hytC 6hyuC 2xauS 3i4uS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 76822.562 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: DHX8, DDX8 / Plasmid: baculovirus / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: Q14562, RNA helicase |
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-Non-polymers , 6 types, 496 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ADP / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-DMS / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 50.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 15% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 100mM Sodium Acetate, 6% DMSO |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.92044 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 23, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.92044 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→49.49 Å / Num. obs: 92707 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 55.4 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 5.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.64 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.818 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.319 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2XAU and 3I4U Resolution: 2.6→37.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU R Cruickshank DPI: 0.579 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.524 / SU Rfree Blow DPI: 0.249 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.257
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Displacement parameters | Biso mean: 67.41 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.33 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.6→37.59 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.6→2.62 Å / Total num. of bins used: 50
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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