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- PDB-6hrn: C-Phycocyanin from heterocyst forming filamentous cyanobacterium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hrn
タイトルC-Phycocyanin from heterocyst forming filamentous cyanobacterium Nostoc sp. WR13
要素
  • Alpha Subunit of Cyanobacterial Phycocyanin protein
  • Beta Subunit of Cyanobacterial Phycocyanin protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / Heterocyst forming filamentous cyanobacterium / Phycobilisomes / Phycocyanin (フィコシアニン) / CYC chromophores
機能・相同性
機能・相同性情報


: / フィコビリソーム / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 光合成
類似検索 - 分子機能
Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / フィコシアニン / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
フィコシアノビリン / 硝酸塩 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / リン酸塩 / Alpha Subunit of Cyanobacterial Phycocyanin protein / Beta Subunit of Cyanobacterial Phycocyanin protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.513 Å
データ登録者Patel, H.M. / Roszak, A.W. / Madamwar, D. / Cogdell, R.J.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of phycocyanin from heterocyst-forming filamentous cyanobacterium Nostoc sp. WR13.
著者: Patel, H.M. / Roszak, A.W. / Madamwar, D. / Cogdell, R.J.
履歴
登録2018年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha Subunit of Cyanobacterial Phycocyanin protein
B: Beta Subunit of Cyanobacterial Phycocyanin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,88217
ポリマ－35,3572
非ポリマー3,52515
水6,648369
1
A: Alpha Subunit of Cyanobacterial Phycocyanin protein
B: Beta Subunit of Cyanobacterial Phycocyanin protein
ヘテロ分子

A: Alpha Subunit of Cyanobacterial Phycocyanin protein
B: Beta Subunit of Cyanobacterial Phycocyanin protein
ヘテロ分子

A: Alpha Subunit of Cyanobacterial Phycocyanin protein
B: Beta Subunit of Cyanobacterial Phycocyanin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,64551
ポリマ－106,0716
非ポリマー10,57545
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area36440 Å2
ΔGint-221 kcal/mol
Surface area38460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.473, 151.473, 39.764
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alpha Subunit of Cyanobacterial Phycocyanin protein


分子量: 17323.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: There is one chromophore molecule, phycocyanobilin (ligand ID: CYC), bound covalently to C-Phycocyanin alpha subunit residue CYS84
由来: (天然) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: WR13 / 参照: UniProt: A0A509GUZ8*PLUS
#2: タンパク質 Beta Subunit of Cyanobacterial Phycocyanin protein


分子量: 18033.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: There are two chromophore molecules, phycocyanobilins (ligand ID: CYC), bound covalently to C-Phycocyanin beta subunit residues CYS82 and CYS153, respectively.
由来: (天然) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: WR13 / 参照: UniProt: A0A509GUZ9*PLUS

-
非ポリマー , 8種, 384分子

#3: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN / フィコシアノビリン


分子量: 588.694 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION / 硝酸塩


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#9: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.98 % / 解説: hexagonal rod
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus crystallisation screen condition C4: 37.5% MPD_Peg1K_Peg3350 precipitant, 0.1M buffer system (imidazole & MES) and the NPS (nitrate, phosphate & sulfate) mix of additives.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.513→131.179 Å / Num. obs: 73328 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 27.18 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 1.513→1.589 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 1.013 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3665 / CC1/2: 0.609 / Rpim(I) all: 0.47 / Rrim(I) all: 1.135 / % possible all: 54

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
XDS20180808データ削減
pointless1.11.14データスケーリング
Aimless0.7.2データスケーリング
autoPROC1.0.5データスケーリング
STARANISO1.10.15データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: not published yet

解像度: 1.513→75.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 2.602 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.052 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15396 3582 4.9 %RANDOM
Rwork0.11487 ---
obs0.11678 69746 89.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.086 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å20.24 Å20 Å2
2--0.48 Å20 Å2
3----1.57 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.513→75.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2478 0 245 369 3092
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0132850
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172679
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6121.6553853
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4911.586195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1525358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.1720.604149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.16115420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2021519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2367
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023260
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02572
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4134.1991363
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.3894.1971362
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.3966.3031708
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.3956.3051709
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.4284.7221487
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.4264.7211488
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.0996.8782134
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.5453.6043350
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.07752.6893259
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.65735529
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free40.6275226
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded28.855620
LS精密化 シェル解像度: 1.513→1.553 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 48 -
Rwork0.269 1083 -
obs--18.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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