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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6g62 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of thioredoxin O2 from Arabidopsis thaliana in oxidized state | ||||||
要素 | Thioredoxin O2, mitochondrial | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Thioredoxin (チオレドキシン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, disulfide as acceptor / ミトコンドリア 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Roret, T. / Didierjean, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Antioxidants (Basel) / 年: 2018 タイトル: MitochondrialArabidopsis thalianaTRXo Isoforms Bind an Iron−Sulfur Cluster and Reduce NFU Proteins In Vitro. 著者: Zannini, F. / Roret, T. / Przybyla-Toscano, J. / Dhalleine, T. / Rouhier, N. / Couturier, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6g62.cif.gz | 76.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6g62.ent.gz | 62 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6g62.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/6g62 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/6g62 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14521.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At1g31020, F17F8.6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93VQ9 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.97 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 詳細: 100 mM citrate buffer (pH 5.6) 30% PEG 4000 100 mM ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9815 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9815 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→35.403 Å / Num. obs: 16473 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 814 / CC1/2: 0.942 / Rpim(I) all: 0.251 / Rrim(I) all: 0.5 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.5→35.403 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.41
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→35.403 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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