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Yorodumi- PDB-6g62: Crystal structure of thioredoxin O2 from Arabidopsis thaliana in ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6g62 | ||||||
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Title | Crystal structure of thioredoxin O2 from Arabidopsis thaliana in oxidized state | ||||||
Components | Thioredoxin O2, mitochondrial | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Thioredoxin | ||||||
Function / homology | Function and homology information oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, disulfide as acceptor / mitochondrion Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Arabidopsis thaliana (thale cress) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Roret, T. / Didierjean, C. | ||||||
Citation | Journal: Antioxidants (Basel) / Year: 2018 Title: MitochondrialArabidopsis thalianaTRXo Isoforms Bind an Iron−Sulfur Cluster and Reduce NFU Proteins In Vitro. Authors: Zannini, F. / Roret, T. / Przybyla-Toscano, J. / Dhalleine, T. / Rouhier, N. / Couturier, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6g62.cif.gz | 76.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6g62.ent.gz | 62 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6g62.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/6g62 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/6g62 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14521.690 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: At1g31020, F17F8.6 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q93VQ9 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.78 Å3/Da / Density % sol: 30.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: microbatch Details: 100 mM citrate buffer (pH 5.6) 30% PEG 4000 100 mM ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM30A / Wavelength: 0.9815 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 21, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9815 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→35.403 Å / Num. obs: 16473 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 12 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 20 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.53 Å / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 814 / CC1/2: 0.942 / Rpim(I) all: 0.251 / Rrim(I) all: 0.5 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.5→35.403 Å / SU ML: 0.11 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.41
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→35.403 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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