PDB-6fyb: The crystal structure of EncM L144M mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fyb

タイトル

The crystal structure of EncM L144M mutant

要素

Putative FAD-dependent oxygenase EncM

キーワード

FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) /

monooxygenase / flavin-N5-oxide / FAD / EncM / oxygenating species /

oxygen binding (酸素)

機能・相同性

機能・相同性情報

FAD binding /

oxidoreductase activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces maritimus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.882 Å

データ登録者

Saleem-Batcha, R. / Teufel, R.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Enzymatic control of dioxygen binding and functionalization of the flavin cofactor.
著者: Saleem-Batcha, R. / Stull, F. / Sanders, J.N. / Moore, B.S. / Palfey, B.A. / Houk, K.N. / Teufel, R.

履歴

登録	2018年3月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fyb.cif.gz	379 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fyb.ent.gz	310.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fyb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/6fyb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/6fyb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6foqC 6fowC 6fp3C 6fy8C 6fy9C 6fyaC 6fycC 6fydC 6fyeC 6fyfC 6fygC 4xloS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6fow-2 4xlo-2 6fya-d 3w8x-d 6fyc-1 5e3h-d 6gpg-d 4xlo-1 3wen-d 6fp3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

B: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

C: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

D: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

ヘテロ分子

204 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

B: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

D: Putative FAD-dependent oxygenase EncM

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.993, 174.953, 130.066
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-905- HOH
2	1	D-821- HOH

#1: タンパク質	Putative FAD-dependent oxygenase EncM 分子量: 50092.410 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces maritimus (バクテリア) 遺伝子: encM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KHK2
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.04 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M HEPES-Na, 0.2M Calcium Acetate, 20% PEG 3350, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→47.96 Å / Num. obs: 1962341 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 13.3 % / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.88→1.98 Å / R_merge(I) obs: 0.57 / Num. unique obs: 20077

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11rc1_2513: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XLO

4xlo

解像度: 1.882→47.96 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.49

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2264	7312	4.97 %
R_work	0.1798	-	-
obs	0.1821	147016	98.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.882→47.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13920	0	212	1297	15429

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	14508
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.333	19808
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.194	5108
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	2148
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	2576

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8819-1.9033	0.3094	173	0.2701	3221	X-RAY DIFFRACTION	69
1.9033-1.9257	0.3505	250	0.2763	4665	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9257-1.9492	0.2828	264	0.2065	4643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9492-1.9739	0.2533	211	0.1983	4720	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9739-1.9998	0.2746	228	0.2026	4697	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9998-2.0272	0.2842	225	0.1992	4684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0272-2.0562	0.2667	241	0.2004	4716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0562-2.0869	0.2816	244	0.2059	4637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0869-2.1195	0.2515	238	0.1885	4674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1195-2.1543	0.2229	255	0.1756	4682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1543-2.1914	0.2231	275	0.1788	4631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1914-2.2313	0.2696	249	0.1991	4672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2313-2.2742	0.2971	249	0.2299	4622	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2742-2.3206	0.2425	239	0.1884	4736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3206-2.371	0.24	266	0.1815	4642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.371-2.4262	0.2294	231	0.1799	4731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4262-2.4869	0.2574	243	0.1884	4706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4869-2.5541	0.253	215	0.187	4728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5541-2.6293	0.2714	251	0.1903	4671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6293-2.7141	0.258	191	0.1856	4790	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7141-2.8111	0.229	249	0.1938	4671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8111-2.9236	0.2502	273	0.186	4703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9236-3.0567	0.2314	281	0.1899	4678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0567-3.2178	0.2176	259	0.1818	4702	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2178-3.4194	0.2189	248	0.1759	4730	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4194-3.6833	0.2039	265	0.1639	4714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6833-4.0538	0.1794	281	0.1534	4735	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0538-4.6399	0.1839	254	0.1426	4777	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6399-5.8442	0.1829	235	0.1631	4805	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8442-47.9758	0.1933	229	0.1772	4921	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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