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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fp3 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of EncM complexed with dioxygen under 5 bar of oxygen pressure. | ||||||
要素 | Putative FAD-dependent oxygenase EncM | ||||||
キーワード | FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / nooxygenase / flavin-N5-oxide / FAD / EncM / oxygenating species / oxygen binding (酸素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces maritimus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.976 Å | ||||||
データ登録者 | Saleem-Batcha, R. / Teufel, R. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018 タイトル: Enzymatic control of dioxygen binding and functionalization of the flavin cofactor. 著者: Saleem-Batcha, R. / Stull, F. / Sanders, J.N. / Moore, B.S. / Palfey, B.A. / Houk, K.N. / Teufel, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6fp3.cif.gz | 379.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6fp3.ent.gz | 308.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6fp3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/6fp3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/6fp3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50074.371 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces maritimus (バクテリア) 遺伝子: encM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KHK2 #2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 化合物 | ChemComp-OXY / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.16 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: 0.1M HEPES-Na, 0.2M calcium acetate, 20% PEG 3350, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.975→48.91 Å / Num. obs: 131502 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 30.1701402375 Å2 / Net I/σ(I): 7.3 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.975 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.976→48.91 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.76 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.976→48.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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