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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fkb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of N2C/D282C stabilized opsin bound to RS13 | ||||||
要素 | Rhodopsinロドプシン | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / RHODOPSIN (ロドプシン) / G PROTEIN-COUPLED RECEPTORS (Gタンパク質共役受容体) / RETINITIS PIGMENTOSA (網膜色素変性症) / SIGNALING PROTEIN / SENSORY TRANSDUCTION / PHOTORECEPTOR PROTEIN / KINTEGRAL MEMBRANE PROTEIN / VISION / MEMBRANE (生体膜) / RECEPTOR (受容体) / TRANSDUCER PHOTORECEPTOR / SMALL MOLECULE COMPLEX (小分子) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / rod bipolar cell differentiation / rod photoreceptor outer segment / sperm head plasma membrane / absorption of visible light / podosome assembly / opsin binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / : ...Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / rod bipolar cell differentiation / rod photoreceptor outer segment / sperm head plasma membrane / absorption of visible light / podosome assembly / opsin binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / : / G protein-coupled photoreceptor activity / photoreceptor inner segment membrane / G protein-coupled opsin signaling pathway / 11-cis retinal binding / cellular response to light stimulus / G protein-coupled receptor complex / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / phototransduction, visible light / thermotaxis / Activation of the phototransduction cascade / outer membrane / detection of temperature stimulus involved in thermoception / arrestin family protein binding / photoreceptor cell maintenance / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (i) signalling events / phototransduction / response to light stimulus / photoreceptor outer segment / G-protein alpha-subunit binding / sperm midpiece / 視覚 / guanyl-nucleotide exchange factor activity / photoreceptor disc membrane / microtubule cytoskeleton organization / cell-cell junction / 遺伝子発現 / G protein-coupled receptor signaling pathway / ゴルジ体 / zinc ion binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.03 Å | ||||||
データ登録者 | Mattle, D. / Standfuss, J. / Dawson, R. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018 タイトル: Ligand channel in pharmacologically stabilized rhodopsin. 著者: Mattle, D. / Kuhn, B. / Aebi, J. / Bedoucha, M. / Kekilli, D. / Grozinger, N. / Alker, A. / Rudolph, M.G. / Schmid, G. / Schertler, G.F.X. / Hennig, M. / Standfuss, J. / Dawson, R.J.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6fkb.cif.gz | 151.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6fkb.ent.gz | 121.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6fkb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/6fkb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/6fkb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 37057.574 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-326 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: RHO / プラスミド: PCMV-TET O / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GNTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02699 |
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-糖 , 4種, 10分子
#3: 糖 | #4: 糖 | ChemComp-BMA / | #5: 糖 | #6: 糖 | ChemComp-BOG / |
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-非ポリマー , 3種, 4分子
#2: 化合物 | ChemComp-PLM / |
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#7: 化合物 | ChemComp-DLH / |
#8: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 8.11 Å3/Da |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: see publication |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.03→47.55 Å / Num. obs: 24484 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.28 % / Rmerge(I) obs: 0.2624 / Rsym value: 0.2624 / Net I/σ(I): 6.89 |
反射 シェル | 解像度: 3.03→3.13 Å / 冗長度: 11.81 % / Rmerge(I) obs: 1.0302 / Mean I/σ(I) obs: 0.65 / Rsym value: 1.0302 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4J4Q 解像度: 3.03→45.895 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 33.85 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.03→45.895 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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