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万見
- PDB-6egt: Structure of RVFV envelope protein Gc in postfusion conformation ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6egt
タイトルStructure of RVFV envelope protein Gc in postfusion conformation in complex with MES
要素Glycoprotein糖タンパク質
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / fusion protein viral envelope lipid interaction viral fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial outer membrane / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3770 / Phlebovirus nonstructural NS-M / M polyprotein precursor, phlebovirus / Phlebovirus nonstructural protein NS-M / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G2, fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2, C-terminal domain / Phlebovirus glycoprotein G2 fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2 C-terminal domain ...Immunoglobulin-like - #3770 / Phlebovirus nonstructural NS-M / M polyprotein precursor, phlebovirus / Phlebovirus nonstructural protein NS-M / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G2, fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2, C-terminal domain / Phlebovirus glycoprotein G2 fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2 C-terminal domain / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein / Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Rift valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Guardado-Calvo, P. / Rey, F.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: A glycerophospholipid-specific pocket in the RVFV class II fusion protein drives target membrane insertion.
著者: Guardado-Calvo, P. / Atkovska, K. / Jeffers, S.A. / Grau, N. / Backovic, M. / Perez-Vargas, J. / de Boer, S.M. / Tortorici, M.A. / Pehau-Arnaudet, G. / Lepault, J. / England, P. / Rottier, P. ...著者: Guardado-Calvo, P. / Atkovska, K. / Jeffers, S.A. / Grau, N. / Backovic, M. / Perez-Vargas, J. / de Boer, S.M. / Tortorici, M.A. / Pehau-Arnaudet, G. / Lepault, J. / England, P. / Rottier, P.J. / Bosch, B.J. / Hub, J.S. / Rey, F.A.
履歴
登録2017年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年6月12日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record
Item: _audit_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoprotein
B: Glycoprotein
C: Glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,26114
ポリマ－171,7333
非ポリマー2,52711
水5,170287
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The oligomerization state was checked by SEC-MALS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18510 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area53790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.306, 102.030, 198.892
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Glycoprotein / 糖タンパク質


分子量: 57244.469 Da / 分子数: 3 / 変異: W821H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rift valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: A2T087, UniProt: P03518*PLUS
#2: 多糖 beta-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpb1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1b_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.42 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 12%(w/v) PEG 5000 MME, 0.1M MES 6.2, 0.1M (NH4)SO4, 1.8 mM UDM, 5% (v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→38.44 Å / Num. obs: 51348 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.5→2.58 Å / Rmerge(I) obs: 0.735 / Rpim(I) all: 0.541

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.3_1471精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HJ1

4hj1


解像度: 2.5→29.497 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.55
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2351 2036 3.97 %
Rwork0.1955 --
obs0.1971 51275 99.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.497 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10127 0 160 287 10574
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00410525
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9214188
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1633796
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0351616
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041840
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5001-2.61380.31841240.28326159X-RAY DIFFRACTION99
2.6138-2.75150.30693650.26795944X-RAY DIFFRACTION99
2.7515-2.92380.29732460.24856145X-RAY DIFFRACTION100
2.9238-3.14930.30191990.22986184X-RAY DIFFRACTION100
3.1493-3.46580.24293060.21136103X-RAY DIFFRACTION100
3.4658-3.96620.21762550.17956170X-RAY DIFFRACTION99
3.9662-4.99310.18152670.14196165X-RAY DIFFRACTION99
4.9931-29.4990.19342740.15426369X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4177-0.2261-0.58890.24240.52122.71360.02940.0605-0.0294-0.1016-0.0177-0.01090.1370.05330.01030.2404-0.0051-0.02640.2419-0.00780.227118.776318.483519.0622
21.2317-0.129-0.99520.41150.12131.91030.0528-0.06-0.0337-0.0634-0.0188-0.0330.18810.30260.01250.22270.07220.00120.2467-0.0250.25139.862414.616128.0961
30.3103-0.1362-0.16050.17-0.21891.74070.07920.07060.0368-0.1511-0.0378-0.0776-0.20860.1336-0.00020.21770.00310.0270.2347-0.00630.260433.036136.629423.571
40.51380.005-0.93970.0883-0.01851.7499-0.0066-0.0173-0.00030.06310.04390.0130.0464-0.09490.00010.2011-0.02750.00630.21620.01660.2024-2.452420.074470.2193
50.71630.1288-0.45150.54690.17872.16720.0333-0.2399-0.01240.1454-0.0097-0.0383-0.02230.11370.00020.2260.0117-0.02940.28470.00270.21321.533919.927979.8124
60.6185-0.0465-0.74470.4534-0.16432.06940.1267-0.04320.08820.1164-0.00210.0615-0.1631-0.11620.00160.2226-0.02860.03170.1785-0.02340.224410.238342.371573.3656
70.7677-0.6587-0.17220.6076-0.03390.79980.07750.10970.1362-0.10980.0162-0.011-0.0093-0.34170.00050.26610.04230.03570.2446-0.00480.253211.188942.918627.5923
80.50240.3869-0.52341.36390.07040.7747-0.00460.0938-0.0757-0.12310.03910.16560.15840.00430.00090.29170.0145-0.00650.2329-0.01540.214817.72070.365433.6196
90.9592-0.14920.32360.57060.04970.9630.14040.0929-0.0039-0.0363-0.0379-0.14930.07950.3771-0.00030.22850.03760.0070.413-0.03010.258748.937728.944243.9501
100.61390.02850.41080.60610.35040.45710.2495-0.16030.15880.0108-0.05240.1187-0.19120.07410.00670.21770.0365-0.0090.2378-0.0150.2875-5.08931.092867.9328
110.57920.04160.3470.97040.42375.04850.1954-0.08270.07890.2404-0.18160.05150.4531-0.568-0.05420.2112-0.0449-0.03240.1189-0.01740.277214.010411.426177.1179
120.38390.44870.0420.6143-0.10450.2705-0.2053-0.4432-0.04670.07220.2182-0.04250.12090.4528-0.00110.25950.0012-0.04860.38490.03110.19621.451939.134676.7701
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and ((resseq 691:758))) or (chain 'A' and ((resseq 852:900))) or (chain 'A' and ((resseq 981:1023)))
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and ((resseq 691:758))) or (chain 'B' and ((resseq 852:900))) or (chain 'B' and ((resseq 981:1023)))
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and ((resseq 691:758))) or (chain 'C' and ((resseq 852:900))) or (chain 'C' and ((resseq 981:1023)))
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'A' and ((resseq 759:851))) or (chain 'A' and ((resseq 901:980)))
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'B' and ((resseq 759:851))) or (chain 'B' and ((resseq 901:980)))
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'C' and ((resseq 759:851))) or (chain 'C' and ((resseq 901:980)))
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'A' and ((resseq 1024:1116)))
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'B' and ((resseq 1024:1116)))
9X-RAY DIFFRACTION9(chain 'C' and ((resseq 1024:1116)))
10X-RAY DIFFRACTION10(chain 'A' and ((resseq 1117:1135)))
11X-RAY DIFFRACTION11(chain 'B' and ((resseq 1117:1135)))
12X-RAY DIFFRACTION12(chain 'C' and ((resseq 1117:1134)))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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