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Yorodumi- PDB-6egu: Structure of RVFV envelope protein Gc in postfusion conformation ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6egu | |||||||||
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Title | Structure of RVFV envelope protein Gc in postfusion conformation in complex with 1,2-dipropionyl-sn-glycero-3-phosphocholine | |||||||||
Components | RVFV ENVELOPE PROTEIN GC | |||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / viral fusion envelope glycoprotein bunyavirus phlebovirus | |||||||||
Function / homology | Function and homology information host cell mitochondrial outer membrane / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Rift Valley fever virus | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | |||||||||
Authors | Guardado-Calvo, P. / Rey, F.A. | |||||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2017 Title: A glycerophospholipid-specific pocket in the RVFV class II fusion protein drives target membrane insertion. Authors: Guardado-Calvo, P. / Atkovska, K. / Jeffers, S.A. / Grau, N. / Backovic, M. / Perez-Vargas, J. / de Boer, S.M. / Tortorici, M.A. / Pehau-Arnaudet, G. / Lepault, J. / England, P. / Rottier, P. ...Authors: Guardado-Calvo, P. / Atkovska, K. / Jeffers, S.A. / Grau, N. / Backovic, M. / Perez-Vargas, J. / de Boer, S.M. / Tortorici, M.A. / Pehau-Arnaudet, G. / Lepault, J. / England, P. / Rottier, P.J. / Bosch, B.J. / Hub, J.S. / Rey, F.A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6egu.cif.gz | 540.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6egu.ent.gz | 442.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6egu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/6egu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/6egu | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6egtC 4hj1S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 57244.469 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: W821H Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rift Valley fever virus / Plasmid: pT350 / Cell line (production host): S2 / Production host: Drosophila melanogaster (fruit fly) / References: UniProt: A2T087, UniProt: P03518*PLUS #2: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Sugar | ChemComp-NAG / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.2 Details: 14.1% (w/v) PEG 5000 MME, 0.1 M Bis-Tris pH 6.2, 0.1M (NH4)2SO4, 1.8 mM UDM, and 5% glycerol. Note: 80 mM 1,2-dipropionyl-sn-glycero-3-phosphocholine added to protein solution |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.97 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 9, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→39.15 Å / Num. obs: 65643 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Rpim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 9.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Rmerge(I) obs: 0.689 / Rpim(I) all: 0.429 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4HJ1 Resolution: 2.3→37.883 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.76 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→37.883 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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