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Yorodumi- PDB-6egt: Structure of RVFV envelope protein Gc in postfusion conformation ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6egt | |||||||||
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Title | Structure of RVFV envelope protein Gc in postfusion conformation in complex with MES | |||||||||
Components | Glycoprotein | |||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / fusion protein viral envelope lipid interaction viral fusion | |||||||||
Function / homology | Function and homology information host cell mitochondrial outer membrane / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Rift valley fever virus | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | |||||||||
Authors | Guardado-Calvo, P. / Rey, F.A. | |||||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2017 Title: A glycerophospholipid-specific pocket in the RVFV class II fusion protein drives target membrane insertion. Authors: Guardado-Calvo, P. / Atkovska, K. / Jeffers, S.A. / Grau, N. / Backovic, M. / Perez-Vargas, J. / de Boer, S.M. / Tortorici, M.A. / Pehau-Arnaudet, G. / Lepault, J. / England, P. / Rottier, P. ...Authors: Guardado-Calvo, P. / Atkovska, K. / Jeffers, S.A. / Grau, N. / Backovic, M. / Perez-Vargas, J. / de Boer, S.M. / Tortorici, M.A. / Pehau-Arnaudet, G. / Lepault, J. / England, P. / Rottier, P.J. / Bosch, B.J. / Hub, J.S. / Rey, F.A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6egt.cif.gz | 518.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6egt.ent.gz | 424.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6egt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/6egt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/6egt | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6eguC 4hj1S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 57244.469 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: W821H Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rift valley fever virus / Production host: Drosophila melanogaster (fruit fly) / References: UniProt: A2T087, UniProt: P03518*PLUS #2: Polysaccharide | beta-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Sugar | ChemComp-NAG / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.42 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.2 Details: 12%(w/v) PEG 5000 MME, 0.1M MES 6.2, 0.1M (NH4)SO4, 1.8 mM UDM, 5% (v/v) glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.9801 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Sep 12, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9801 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→38.44 Å / Num. obs: 51348 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 10 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.58 Å / Rmerge(I) obs: 0.735 / Rpim(I) all: 0.541 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4HJ1 Resolution: 2.5→29.497 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.55
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→29.497 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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