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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dl4 | ||||||
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タイトル | Human Titin ZIg10 | ||||||
要素 | Titinチチン | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Titin (チチン) / sarcomere / cytoskeleton (細胞骨格) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of catalytic activity / cardiac muscle hypertrophy ...sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of catalytic activity / cardiac muscle hypertrophy / mitotic chromosome condensation / Striated Muscle Contraction / actinin binding / M band / I band / cardiac muscle cell development / regulation of protein kinase activity / structural constituent of muscle / sarcomere organization / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / striated muscle contraction / cardiac muscle contraction / protein kinase A signaling / condensed nuclear chromosome / muscle contraction / positive regulation of protein secretion / Z disc / response to calcium ion / : / actin filament binding / Platelet degranulation / protein tyrosine kinase activity / protease binding / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / enzyme binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Wright, N.T. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 2018 タイトル: Structural Insights on the Obscurin-Binding Domains in Titin. 著者: Letourneau, A.G. / Wright, N.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6dl4.cif.gz | 767.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6dl4.ent.gz | 642.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6dl4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/6dl4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/6dl4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13965.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8WZ42, non-specific serine/threonine protein kinase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 20 mM TRIS, 50 mM sodium chloride, 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Human Titin ZIg10, 90% H2O/10% D2O 詳細: 20 mM Tris, pH 7.5, 50 mM NaCl, 10% D2O, 1 mM protein Label: ZIg10 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 50 mM / Label: condition-1 / pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |