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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zbh | ||||||
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タイトル | Geobacillus thermodenitrificans EsxA crystal form I | ||||||
要素 | ESXA | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / TYPE 7 SECRETION / ESAT6 FAMILY PROTEINS / WXG PROTEIN ESS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ESAT-6-like superfamily / Type VII secretion system ESAT-6-like / Proteins of 100 residues with WXG / ESAT-6-like / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | GEOBACILLUS THERMODENITRIFICANS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å | ||||||
データ登録者 | Ng, W.M. / Zoltner, M. / Palmer, T. / Hunter, W.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of the Homodimeric Esat-6-Family Proteins Esxa and Esxb from Geobacillus Thermodenitrificans 著者: Zoltner, M. / Ng, W.M. / Palmer, T. / Hunter, W.N. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3zbh.cif.gz | 161.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3zbh.ent.gz | 131.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3zbh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/3zbh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/3zbh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11039.270 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC GENE (CODON ADAPTED) 由来: (合成) GEOBACILLUS THERMODENITRIFICANS (バクテリア) 参照: UniProt: A4IKE4 #2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 4.5 / 詳細: RESERVOIR 0.1 M NH4AC PH4.5, 1 M (NH4)2PO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.044 |
検出器 | タイプ: DECTRIS TWO-DIMENSIONAL HYBRID PIXEL ARRAY / 日付: 2012年2月19日 / 詳細: KIRKPATRICK BAEZ BIMORPH MIRROR PAIR |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.044 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.94→35 Å / Num. obs: 56211 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.94→2.04 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 96.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: GTHESXA CRYSTAL FORM II 解像度: 1.94→34.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 4.136 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.817 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→34.28 Å
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拘束条件 |
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