PDB-3o9o: Crystal Structure of GBS1074, an Esat-6 homologue from Group B St...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3o9o

タイトル

Crystal Structure of GBS1074, an Esat-6 homologue from Group B Streptococcus

要素

Uncharacterized protein gbs1074

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / WXG100 / 4-Helix Bundle /

Putative virulence factor (病原性因子) /

Putative secreted protein

機能・相同性

ESAT-6-like superfamily / Type VII secretion system ESAT-6-like / Proteins of 100 residues with WXG /

ESAT-6-like / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / ESAT-6-like protein

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus agalactiae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

White, S.A. / Shukla, A. / Anthony, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun.
年: 2010
タイトル: The homodimeric GBS1074 from Streptococcus agalactiae.
著者: Shukla, A. / Pallen, M. / Anthony, M. / White, S.A.

履歴

登録	2010年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2011年11月16日	Group: Atomic model
改定 1.3	2018年10月10日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / entity Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity.formula_weight
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3o9o.cif.gz	50.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3o9o.ent.gz	37.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3o9o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/3o9o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/3o9o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3gvm-1 3gvm-2 3zbh-2 3zbh-4 3gwk-d 3b8p-4 3zbh-1 6icr-d 3zbh-3 5jgc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein gbs1074

B: Uncharacterized protein gbs1074

24.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.220, 76.220, 151.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-113- HOH
2	1	B-142- HOH
3	1	B-154- HOH

#1: タンパク質	Uncharacterized protein gbs1074 分子量: 12100.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア) 株: NEM316 / 遺伝子: gbs1074 / プラスミド: pQE-80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-blue / 参照: UniProt: Q8E5F8
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.09 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1 詳細: 0.75 M LiSO4, 0.6 M (NH4)2SO4, 0.1 M Na citrate, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→40.08 Å / Num. all: 18310 / Num. obs: 18255 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 11.6 % / B_iso Wilson estimate: 38.383 Å² / R_sym value: 0.042 / Net I/σ(I): 34

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
MxCuBE	データ収集
SOLVE	位相決定
PHENIX	精密化
XDS	データ削減
SCALA	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2→40.08 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.2192	-	RANDOM
R_work	0.189	-	-
obs	0.1906	18255	-
all	-	18296	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.936 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→40.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1476	0	0	140	1616

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_deg	0.742

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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