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万見
- PDB-6dj3: Crystal structure of CNNM2 cyclic nucleotide-binding homology domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dj3
タイトルCrystal structure of CNNM2 cyclic nucleotide-binding homology domain
要素Metal transporter CNNM2
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / CNNM2 / cyclic nucleotide-binding homology domain / Mg2+ transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


magnesium ion homeostasis / magnesium ion transmembrane transporter activity / basolateral plasma membrane / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Ancient conserved domain protein family / Ion transporter-like, CBS domain / Cyclin M transmembrane N-terminal domain / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / CBS domain superfamily / CBSドメイン / CBSドメイン / CBS domain profile. / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Metal transporter CNNM2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Chen, Y.S. / Gehring, K.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: The cyclic nucleotide-binding homology domain of the integral membrane protein CNNM mediates dimerization and is required for Mg2+efflux activity.
著者: Chen, Y.S. / Kozlov, G. / Fakih, R. / Funato, Y. / Miki, H. / Gehring, K.
履歴
登録2018年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metal transporter CNNM2
B: Metal transporter CNNM2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6405
ポリマ－45,4542
非ポリマー1863
水41423
1
B: Metal transporter CNNM2
ヘテロ分子

A: Metal transporter CNNM2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6405
ポリマ－45,4542
非ポリマー1863
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_564-y,x-y+1,z-1/31
Buried area1840 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.582, 110.582, 84.604
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1005-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Metal transporter CNNM2 / Ancient conserved domain-containing protein 2 / Cyclin-M2


分子量: 22727.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNNM2, ACDP2 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9H8M5
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 0.5 M Na Citrate pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 14399 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 8.7 % / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 318 / CC1/2: 0.609 / % possible all: 70.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12-2829精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.12-2829位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DFD

6dfd


解像度: 2.6→47.9 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 -5 %
Rwork0.219 --
obs-14399 63.29 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2332 0 12 23 2367

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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