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- PDB-6db7: Crystal structure of anti-HIV-1 V3 Fab 1334 in complex with a HIV... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6db7
タイトルCrystal structure of anti-HIV-1 V3 Fab 1334 in complex with a HIV-1 gp120 V3 peptide from MN strain
要素
  • HIV-1 gp120 V3 peptide from MN strain
  • Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 1334 Fab heavy chain
  • Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 1334 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / HIV-1 / gp120 (Gp120 (HIV)) / V3 / mAb
機能・相同性
機能・相同性情報


Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glylcoprotein / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.213 Å
データ登録者Chan, K.-W. / Kong, X.-P.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI100151 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI082676 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI082274 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI087191 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI112546 米国
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2018
タイトル: Structural Comparison of Human Anti-HIV-1 gp120 V3 Monoclonal Antibodies of the Same Gene Usage Induced by Vaccination and Chronic Infection.
著者: Chan, K.W. / Pan, R. / Costa, M. / Gorny, M.K. / Wang, S. / Lu, S. / Kong, X.P.
履歴
登録2018年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
H: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 1334 Fab heavy chain
L: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 1334 Fab light chain
P: HIV-1 gp120 V3 peptide from MN strain
I: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 1334 Fab heavy chain
M: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 1334 Fab light chain
Q: HIV-1 gp120 V3 peptide from MN strain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,72718
ポリマ－102,6226
非ポリマー1,10512
水6,756375
1
H: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 1334 Fab heavy chain
L: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 1334 Fab light chain
P: HIV-1 gp120 V3 peptide from MN strain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8649
ポリマ－51,3113
非ポリマー5536
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5860 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area21020 Å2
手法PISA
2
I: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 1334 Fab heavy chain
M: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 1334 Fab light chain
Q: HIV-1 gp120 V3 peptide from MN strain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8649
ポリマ－51,3113
非ポリマー5536
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7080 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.802, 69.630, 97.191
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 1334 Fab heavy chain


分子量: 25594.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 1334 Fab light chain


分子量: 23005.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド HIV-1 gp120 V3 peptide from MN strain


分子量: 2711.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: A9Q0A0, UniProt: P05877*PLUS
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.97 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Na Citrate pH 4.5, 2.0 M (NH4)2SO4, 5% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92009 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.213→29.17 Å / Num. obs: 46644 / % possible obs: 99.29 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.213→2.293 Å / Rmerge(I) obs: 0.844 / Num. measured obs: 10799

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
Cootモデル構築
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.213→29.168 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.73
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2602 1998 4.29 %
Rwork0.2133 --
obs0.2154 46622 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.213→29.168 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6927 0 72 375 7374
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027175
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5459770
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.934281
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431077
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051248
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2135-2.26880.37011340.3123003X-RAY DIFFRACTION95
2.2688-2.33010.38511430.30413175X-RAY DIFFRACTION100
2.3301-2.39870.3431420.28413193X-RAY DIFFRACTION100
2.3987-2.47610.36131420.28413174X-RAY DIFFRACTION100
2.4761-2.56450.32251430.26643191X-RAY DIFFRACTION100
2.5645-2.66710.31531430.25073188X-RAY DIFFRACTION100
2.6671-2.78840.28121430.25523192X-RAY DIFFRACTION100
2.7884-2.93530.2911430.24973181X-RAY DIFFRACTION100
2.9353-3.1190.34091430.23533178X-RAY DIFFRACTION100
3.119-3.35950.25511440.22093226X-RAY DIFFRACTION100
3.3595-3.6970.24011420.19643200X-RAY DIFFRACTION100
3.697-4.23060.23441440.17983197X-RAY DIFFRACTION99
4.2306-5.32480.1941430.16013226X-RAY DIFFRACTION100
5.3248-29.17020.22241490.19783300X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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