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万見
- PDB-6d57: Campylobacter jejuni ferric uptake regulator S1 metalated -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d57
タイトルCampylobacter jejuni ferric uptake regulator S1 metalated
要素Ferric uptake regulation protein
キーワードMETAL TRANSPORT / Fur / ferric uptake regulator / Campylobacter jejuni / metalloregulator
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ferric-uptake regulator, C-terminal dimerisarion domain / Ferric-uptake regulator, C-terminal domain / Ferric-uptake regulator / Ferric uptake regulator family / Dna Ligase; domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich ...Ferric-uptake regulator, C-terminal dimerisarion domain / Ferric-uptake regulator, C-terminal domain / Ferric-uptake regulator / Ferric uptake regulator family / Dna Ligase; domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ギ酸 / Ferric uptake regulation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Sarvan, S. / Brunzelle, J.S. / Couture, J.F.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Functional insights into the interplay between DNA interaction and metal coordination in ferric uptake regulators.
著者: Sarvan, S. / Charih, F. / Askoura, M. / Butcher, J. / Brunzelle, J.S. / Stintzi, A. / Couture, J.F.
履歴
登録2018年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferric uptake regulation protein
B: Ferric uptake regulation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,59815
ポリマ－36,8232
非ポリマー77513
水7,170398
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7140 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area16250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.742, 84.363, 123.626
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ferric uptake regulation protein / Fur


分子量: 18411.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: fur, A0L11_08850, A8118_04250, AJ878_05735, AJY51_02300, AJY53_01130, AJY73_06030, B5Y32_02790, B5Z71_06080, BD28_01920, BKM79_01965, CRM98_01485
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1E7PHN7
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.42 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 0.25 M magnesium formate, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→69.68 Å / Num. obs: 34641 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 20.49 Å2 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 1.81→1.9 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.81→69.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU R Cruickshank DPI: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.128 / SU Rfree Blow DPI: 0.126 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.118
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 1742 5.03 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.186 34641 98.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4095 Å20 Å20 Å2
2---0.1382 Å20 Å2
3----1.2713 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.209 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→69.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2369 0 44 398 2811
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0162445HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.33268HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d882SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes66HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes343HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2445HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.82
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.59
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion314SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3103SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.81→1.87 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2533 148 5.25 %
Rwork0.2182 2672 -
all0.2199 2820 -
obs--98.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6845-0.5369-0.3540.60010.87121.6142-0.00930.0714-0.00540.06480.06090.00190.223-0.0377-0.0516-0.0084-0.0331-0.0065-0.04410.0218-0.057512.496695.3018133.701
20.57110.4494-0.08760.7553-0.14960.44850.0408-0.0987-0.10260.2082-0.05550.00490.00130.04420.0147-0.0224-0.00440.0035-0.03730.0162-0.03489.965898.8587156.837
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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