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万見
- PDB-6d2u: Solution structure of a ultra-high affinity macrocycle bound to H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d2u
タイトルSolution structure of a ultra-high affinity macrocycle bound to HIV-1 TAR RNA
要素
  • DAB-VAL-ARG-THR-ARG-LYS-GLY-ARG-ARG-ILE-NOR-ILE-DPR-PRO
  • RNA (29-MER)
キーワードPeptide/RNA / Macrocycle inhibitor / complex / HIV-1 TAR / Tat / P-TEFb (P-TEFb) / RNA (リボ核酸) / Peptide-RNA complex
機能・相同性リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Shortridge, M.D. / Varani, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM110569 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: An ultra-high affinity ligand of HIV-1 TAR reveals the RNA structure recognized by P-TEFb.
著者: Shortridge, M.D. / Wille, P.T. / Jones, A.N. / Davidson, A. / Bogdanovic, J. / Arts, E. / Karn, J. / Robinson, J.A. / Varani, G.
履歴
登録2018年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DAB-VAL-ARG-THR-ARG-LYS-GLY-ARG-ARG-ILE-NOR-ILE-DPR-PRO
B: RNA (29-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0052
ポリマ－11,0052
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド DAB-VAL-ARG-THR-ARG-LYS-GLY-ARG-ARG-ILE-NOR-ILE-DPR-PRO


分子量: 1697.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#2: RNA鎖 RNA (29-MER)


分子量: 9307.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
113isotropic32D 1H-15N HSQC
222isotropic32D 1H-1H TOCSY
131isotropic32D 1H-1H NOESY
242isotropic32D 1H-1H NOESY
254isotropic32D 1H-13C HSQC
163isotropic33D 1H-15N NOESY
274isotropic33D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11.7 mM DAB-VAL-ARG-THR-ARG-LYS-GLY-ARG-ARG-ILE-NOR-ILE-DPR-PRO, 1.2 mM RNA (29-MER), 0.01 mM EDTA, 20 mM potassium phosphate, 10 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2OSample conditions to record exchangeable proton distance information (imino, amino). 300uL volume in shigemi nmr tube.1H Peptide/1H RNA H2O95% H2O/5% D2O
solution21.7 mM DAB-VAL-ARG-THR-ARG-LYS-GLY-ARG-ARG-ILE-NOR-ILE-DPR-PRO, 1.2 mM RNA (29-MER), 0.01 mM EDTA, 20 mM potassium phosphate, 10 mM sodium chloride, 100% D2OSample conditions to record non-exchangeable proton distance information. Same sample as id#1 lyophylized down and redissolved in 100% D2O1H Peptide/1H RNA D2O100% D2O
solution31.5 mM DAB-VAL-ARG-THR-ARG-LYS-GLY-ARG-ARG-ILE-NOR-ILE-DPR-PRO, 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RNA (29-MER), 0.01 mM EDTA, 20 mM potassium phosphate, 10 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2OSample conditions to record exchangeable proton distance information (imino, amino). 300uL volume in shigemi nmr tube.1H Peptide/ 13C/15N RNA H2O95% H2O/5% D2O
solution41.5 mM DAB-VAL-ARG-THR-ARG-LYS-GLY-ARG-ARG-ILE-NOR-ILE-DPR-PRO, 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RNA (29-MER), 0.01 mM EDTA, 20 mM potassium phosphate, 10 mM sodium chloride, 100% D2OSample conditions to record non-exchangeable proton distance information. Same sample as id#3 lyophylized down and redissolved in 100% D2O1H Peptide/ 13C/15N RNA D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.7 mMDAB-VAL-ARG-THR-ARG-LYS-GLY-ARG-ARG-ILE-NOR-ILE-DPR-PROnatural abundance1
1.2 mMRNA (29-MER)natural abundance1
0.01 mMEDTAnatural abundance1
20 mMpotassium phosphatenatural abundance1
10 mMsodium chloridenatural abundance1
1.7 mMDAB-VAL-ARG-THR-ARG-LYS-GLY-ARG-ARG-ILE-NOR-ILE-DPR-PROnatural abundance2
1.2 mMRNA (29-MER)natural abundance2
0.01 mMEDTAnatural abundance2
20 mMpotassium phosphatenatural abundance2
10 mMsodium chloridenatural abundance2
1.5 mMDAB-VAL-ARG-THR-ARG-LYS-GLY-ARG-ARG-ILE-NOR-ILE-DPR-PROnatural abundance3
1.0 mMRNA (29-MER)[U-99% 13C; U-99% 15N]3
0.01 mMEDTAnatural abundance3
20 mMpotassium phosphatenatural abundance3
10 mMsodium chloridenatural abundance3
1.5 mMDAB-VAL-ARG-THR-ARG-LYS-GLY-ARG-ARG-ILE-NOR-ILE-DPR-PROnatural abundance4
1.0 mMRNA (29-MER)[U-99% 13C; U-99% 15N]4
0.01 mMEDTAnatural abundance4
20 mMpotassium phosphatenatural abundance4
10 mMsodium chloridenatural abundance4
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1Low temp sample conditions to record exchangeable proton information (imino, amino)10 mM NaCl, 20mM Na Phosphate mMlow_temp6.5 1 atm277 K
2high temp sample conditions to record difference in exchangeable proton information (imino, amino)10 mM NaCl, 20mM Na Phosphate mMhigh_temp6.5 1 atm303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker DRXBrukerDRX5001TCI cryoprobe
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II6002TCI cryoprobe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8003TCI cryoprobe

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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