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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6c83 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of Aurora A (122-403) bound to inhibitory Monobody Mb2 and AMPPCP | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | transferase/inhibitor / Transferase (転移酵素) / Aurora A (オーロラAキナーゼ) / Monobody / AMPPCP / Kinase (キナーゼ) / Activation (活性化) / Allostery (アロステリック効果) / Cell cycle (細胞周期) / Cancer (悪性腫瘍) / transferase-inhibitor complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / positive regulation of oocyte maturation / spindle pole centrosome / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus ...Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / positive regulation of oocyte maturation / spindle pole centrosome / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus / 紡錘体 / mitotic centrosome separation / 卵母細胞 / protein localization to centrosome / anterior/posterior axis specification / centrosome localization / neuron projection extension / spindle organization / positive regulation of mitochondrial fission / mitotic spindle pole / SUMOylation of DNA replication proteins / spindle midzone / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / 中心小体 / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of mitotic nuclear division / AURKA Activation by TPX2 / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / mitotic spindle organization / ciliary basal body / regulation of cytokinesis / negative regulation of protein binding / regulation of signal transduction by p53 class mediator / molecular function activator activity / liver regeneration / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / regulation of protein stability / spindle microtubule / 紡錘体 / 動原体 / response to wounding / spindle / G2/M transition of mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / midbody / basolateral plasma membrane / peptidyl-serine phosphorylation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein autophosphorylation / postsynaptic density / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein heterodimerization activity / 細胞分裂 / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / glutamatergic synapse / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Hoemberger, M. / Kutter, S. / Zorba, A. / Nguyen, V. / Shohei, A. / Shohei, K. / Kern, D. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019 タイトル: Allosteric modulation of a human protein kinase with monobodies. 著者: Zorba, A. / Nguyen, V. / Koide, A. / Hoemberger, M. / Zheng, Y. / Kutter, S. / Kim, C. / Koide, S. / Kern, D. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6c83.cif.gz | 302.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6c83.ent.gz | 211 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6c83.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/6c83 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/6c83 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32990.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: AURKA, AIK, AIRK1, ARK1, AURA, AYK1, BTAK, IAK1, STK15, STK6 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O14965, non-specific serine/threonine protein kinase #2: タンパク質 | 分子量: 9853.987 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.94 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Crystals of dephosphorylated Aurora A (122-403) in complex with Monobody Mb2 and AMPPCP were obtained by mixing a 1:1 ratio of 0.24mM Aurora A, 0.25mM Mb2 and 2.5mM AMPPCP in 20mM TrisHCl pH ...詳細: Crystals of dephosphorylated Aurora A (122-403) in complex with Monobody Mb2 and AMPPCP were obtained by mixing a 1:1 ratio of 0.24mM Aurora A, 0.25mM Mb2 and 2.5mM AMPPCP in 20mM TrisHCl pH 7.5, 200mM NaCl,20mM MgCl2, 10% glycerol, 5mM TCEP with mother liquor (0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M NaCl, 25% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月28日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) side scattering I-beam bent single crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→64.86 Å / Num. obs: 25451 / % possible obs: 98.47 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 62.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 13.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.62 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4c3r, 3k2m 解像度: 2.55→46.82 Å / SU ML: 0.4642 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 37.2497
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 73.75 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→46.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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