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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4c3r | ||||||
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タイトル | Structure of dephosphorylated Aurora A (122-403) bound to AMPPCP | ||||||
要素 | AURORA KINASE AオーロラAキナーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / AURORA A (オーロラAキナーゼ) / ACTIVATION (活性化) / CELL CYCLE (細胞周期) / CANCER (悪性腫瘍) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / positive regulation of oocyte maturation / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus ...Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / positive regulation of oocyte maturation / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus / 紡錘体 / mitotic centrosome separation / 卵母細胞 / protein localization to centrosome / anterior/posterior axis specification / centrosome localization / neuron projection extension / positive regulation of mitochondrial fission / spindle organization / mitotic spindle pole / SUMOylation of DNA replication proteins / spindle midzone / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / 中心小体 / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of mitotic cell cycle / AURKA Activation by TPX2 / mitotic spindle organization / positive regulation of mitotic nuclear division / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / ciliary basal body / negative regulation of protein binding / regulation of cytokinesis / regulation of signal transduction by p53 class mediator / molecular function activator activity / liver regeneration / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / regulation of protein stability / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / 紡錘体 / 動原体 / spindle / response to wounding / microtubule cytoskeleton / G2/M transition of mitotic cell cycle / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / midbody / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / basolateral plasma membrane / peptidyl-serine phosphorylation / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / 微小管 / postsynaptic density / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein heterodimerization activity / 細胞分裂 / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / glutamatergic synapse / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å | ||||||
データ登録者 | Zorba, A. / Kutter, S. / Cho, Y.-J. / Kern, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2014 タイトル: Molecular Mechanism of Aurora a Kinase Autophosphorylation and its Allosteric Activation by Tpx2. 著者: Zorba, A. / Buosi, V. / Kutter, S. / Kern, N. / Pontiggia, F. / Cho, Y.J. / Kern, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4c3r.cif.gz | 67.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4c3r.ent.gz | 48.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4c3r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/4c3r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/4c3r | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32689.459 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 122-403 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O14965, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ACP / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.54 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: CRYSTALS OF DEPHOSPHORYLATED A(122-403) IN COMPLEX WITH AMPPCP WERE OBTAINED BY MIXING A 2:1 RATIO OF 570UM (18MG/ML) DEP A(122-403) AND 1MM AMPPCP WITH MOTHER LIQUOR (0.2M AMMONIUM SULFATE, ...詳細: CRYSTALS OF DEPHOSPHORYLATED A(122-403) IN COMPLEX WITH AMPPCP WERE OBTAINED BY MIXING A 2:1 RATIO OF 570UM (18MG/ML) DEP A(122-403) AND 1MM AMPPCP WITH MOTHER LIQUOR (0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.2M TRISHCL PH 7.50, 30% (W/V) PEG3350). THE CRYSTALS WERE GROWN AT 18C BY VAPOR DIFFUSION AND THE HANGING DROP METHOD. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.999941 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月1日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.999941 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.79→55.4 Å / Num. obs: 9400 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 15.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 19.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.79→2.87 Å / 冗長度: 16.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1OL7 解像度: 2.79→55.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 16.737 / SU ML: 0.332 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 4.704 / ESU R Free: 0.442 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 99.433 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.79→55.42 Å
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拘束条件 |
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