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- PDB-6c25: Crystal structure of Adenylosuccinate synthetase from Legionella ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c25
タイトルCrystal structure of Adenylosuccinate synthetase from Legionella pneumophila Philadelphia 1 in complex with GDP
要素Adenylosuccinate synthetaseアデニロコハク酸シンターゼ
キーワードLIGASE (リガーゼ) / SSGCID / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


アデニロコハク酸シンターゼ / adenylosuccinate synthase activity / 'de novo' AMP biosynthetic process / GTP binding / magnesium ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Adenylosuccinate synthase, active site / Adenylosuccinate synthetase active site. / Adenylosuccinate synthase, GTP-binding site / Adenylosuccinate synthetase, domain 2 / Adenylosuccinate synthetase, domain 3 / Adenylosuccinate synthetase GTP-binding site. / アデニロコハク酸シンターゼ / Adenylosuccinate synthetase, domain 1 / アデニロコハク酸シンターゼ / アデニロコハク酸シンターゼ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / アデニロコハク酸シンターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Adenylosuccinate synthetase from Legionella pneumophila Philadelphia 1 in complex with GDP
著者: Abendroth, J. / Conrady, D.G. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylosuccinate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9724
ポリマ－48,4691
非ポリマー5033
水3,837213
1
A: Adenylosuccinate synthetase
ヘテロ分子

A: Adenylosuccinate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,9458
ポリマ－96,9392
非ポリマー1,0066
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area31260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.810, 90.260, 60.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Adenylosuccinate synthetase / アデニロコハク酸シンターゼ / AdSS / IMP--aspartate ligase


分子量: 48469.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
遺伝子: purA / プラスミド: LepnA.00888.a.B1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8RNM2, アデニロコハク酸シンターゼ
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen B4: 12.5% w/V PEG 1000, 12.5% w/V PEG 3350, 12.5% V/V MPD: 30mM of each NaF, NaBr, NaI: 100mM MES/imidazole pH 6.5: LepnA.00888.a.B1.PW38319 at 18.4mg/ml ...詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen B4: 12.5% w/V PEG 1000, 12.5% w/V PEG 3350, 12.5% V/V MPD: 30mM of each NaF, NaBr, NaI: 100mM MES/imidazole pH 6.5: LepnA.00888.a.B1.PW38319 at 18.4mg/ml + 2mM MgCl2 + 2mM GDP: cryo: direct: tray 297195 b4: puck esb5-10

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40.435 Å / Num. obs: 30104 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.835 % / Biso Wilson estimate: 25.45 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 1.014 / Net I/σ(I): 16.09
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.9-1.952.7330.5342.0821680.7130.66599
1.95-23.5550.4243.1821320.7930.50199.8
2-2.064.1730.3434.4120790.890.394100
2.06-2.124.6610.2975.5820190.9420.335100
2.12-2.195.1720.2337.6819610.9630.26100
2.19-2.275.5140.29.1819080.980.221100
2.27-2.365.9770.18310.318310.9850.20199.9
2.36-2.456.860.16212.2517700.9890.175100
2.45-2.567.1340.1413.8316970.9930.151100
2.56-2.697.1140.12815.0916420.9950.138100
2.69-2.837.130.10317.4715560.9960.111100
2.83-37.1020.08220.714940.9970.089100
3-3.217.1240.06525.213650.9970.07100
3.21-3.477.0750.05230.8713120.9980.056100
3.47-3.87.0660.04635.512070.9980.0599.9
3.8-4.257.050.0438.2710840.9990.043100
4.25-4.917.0260.03741.159800.9990.04100
4.91-6.016.9620.04137.168470.9990.044100
6.01-8.56.80.04137.916590.9990.045100
8.5-40.4356.0970.03243.853930.9990.03598.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(1.13_2998)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: native structure, PDB entry 6bs7

6bs7


解像度: 1.9→40.435 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.09
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2136 2002 6.65 %0
Rwork0.1739 ---
obs0.1765 30102 99.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 111.93 Å2 / Biso mean: 36.6687 Å2 / Biso min: 10.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→40.435 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2962 0 30 218 3210
Biso mean--30.22 39.97 -
残基数----394
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9001-1.94760.27771530.24271939209299
1.9476-2.00030.25271530.219119572110100
2.0003-2.05910.2571450.204919632108100
2.0591-2.12560.251590.191319662125100
2.1256-2.20160.23431270.180619862113100
2.2016-2.28970.21661380.179620112149100
2.2897-2.39390.23891510.177719722123100
2.3939-2.52010.23391510.183819852136100
2.5201-2.6780.22821300.18320092139100
2.678-2.88470.23651380.185720172155100
2.8847-3.17490.19691360.174520262162100
3.1749-3.6340.20021520.155920182170100
3.634-4.57750.16631320.142720792211100
4.5775-40.44390.21071370.176721722309100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.46390.1395-0.28553.124-0.58081.01040.03510.15810.2655-0.17640.08030.0437-0.1407-0.038-0.10080.16760.0010.01150.12770.00490.1659-34.498522.9671-13.2686
23.21750.267-0.05163.5562-0.11532.0423-0.0506-0.04980.40810.00330.04560.158-0.06320.01970.01440.17430.02030.04240.1326-0.02190.1732-38.169424.9698-5.6395
33.7635-1.6707-0.81134.99871.29370.41130.08770.05930.2038-0.17810.0339-0.4083-0.05410.0799-0.11860.176-0.01120.00820.14190.00190.1576-23.792412.4354-11.6961
43.3998-1.5514-1.67941.75190.89172.92640.49570.69150.4518-0.4023-0.1896-0.4998-0.4898-0.19390.0070.2730.04630.12110.29180.0980.2463-18.12332.8662-27.0507
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 254 through 340 )A254 - 340
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 341 through 431 )A341 - 431
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1 through 41 )A1 - 41
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 42 through 253 )A42 - 253

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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