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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6bjn | ||||||
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タイトル | PICK1 PDZ domain in complex with the class I PDZ binding motif QSAV | ||||||
要素 | PRKCA-binding protein | ||||||
キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN / PICK1 PDZ Domain Class II PDZ binding motif | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 membrane curvature sensor activity / postsynaptic early endosome / glial cell development / neuronal ion channel clustering / cellular response to decreased oxygen levels / Arp2/3 complex binding / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / epigenetic programming of gene expression / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation ...membrane curvature sensor activity / postsynaptic early endosome / glial cell development / neuronal ion channel clustering / cellular response to decreased oxygen levels / Arp2/3 complex binding / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / epigenetic programming of gene expression / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / ゲノム刷り込み / monoamine transport / protein kinase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / dendritic spine organization / long-term synaptic depression / dendritic spine maintenance / receptor clustering / regulation of insulin secretion / positive regulation of receptor internalization / cellular response to glucose starvation / trans-Golgi network membrane / G protein-coupled receptor binding / protein kinase C binding / Cell surface interactions at the vascular wall / intracellular protein transport / phospholipid binding / endocytic vesicle membrane / actin filament binding / シナプス小胞 / presynaptic membrane / postsynaptic density / 細胞骨格 / neuron projection / protein domain specific binding / protein phosphorylation / signaling receptor binding / シナプス / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.43 Å | ||||||
データ登録者 | Marcotte, D.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018 タイトル: Lock and chop: A novel method for the generation of a PICK1 PDZ domain and piperidine-based inhibitor co-crystal structure. 著者: Marcotte, D.J. / Hus, J.C. / Banos, C.C. / Wildes, C. / Arduini, R. / Bergeron, C. / Hession, C.A. / Baker, D.P. / Lin, E. / Guckian, K.M. / Dunah, A.W. / Silvian, L.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6bjn.cif.gz | 45 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6bjn.ent.gz | 33.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6bjn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/6bjn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/6bjn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13540.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PICK1, PRKCABP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NRD5 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.22 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M BisTRIS pH 5.5 and 25% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年8月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.43→50 Å / Num. obs: 9544 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.86 / Net I/σ(I): 7.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.43→47.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 6.691 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.307 / ESU R Free: 0.215
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 94.96 Å2 / Biso mean: 38.799 Å2 / Biso min: 20.86 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.43→47.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.434→2.498 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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