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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6bhz | ||||||
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タイトル | Trastuzumab Fab D185A (Light Chain) Mutant. | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Fab / immunoglobulin (抗体) / mutant (ミュータント (人類)) | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | DiDonato, M. / Spraggon, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2018 タイトル: Tuning a Protein-Labeling Reaction to Achieve Highly Site Selective Lysine Conjugation. 著者: Pham, G.H. / Ou, W. / Bursulaya, B. / DiDonato, M. / Herath, A. / Jin, Y. / Hao, X. / Loren, J. / Spraggon, G. / Brock, A. / Uno, T. / Geierstanger, B.H. / Cellitti, S.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6bhz.cif.gz | 364.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6bhz.ent.gz | 296.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6bhz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/6bhz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/6bhz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23988.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 抗体 | 分子量: 23422.021 Da / 分子数: 2 / Mutation: D185A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.86 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200 mM di-Ammonium Tartrate, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97648 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月2日 |
放射 | モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97648 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 88658 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 18.3 Å2 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.051 / Rsym value: 0.039 / Χ2: 0.886 / Net I/σ(I): 21.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.79 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 5727 / CC1/2: 0.799 / Rrim(I) all: 0.446 / Χ2: 0.86 / % possible all: 95.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1N8Z 解像度: 1.75→42.271 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.07
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→42.271 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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