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- PDB-5tdp: Crystal structure of the Fab fragment of anti-HER2 antibody 4D5 w... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5tdp | ||||||
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Title | Crystal structure of the Fab fragment of anti-HER2 antibody 4D5 with redesigned heavy and light chain interfaces | ||||||
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Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yin, Y. / Carter, P.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of the Fab fragment of anti-HER2 antibody 4D5 with redesigned heavy and light chain interfaces Authors: Yin, Y. / Carter, P.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 345.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 280.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5tdnC ![]() 5tdoC ![]() 1fveS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 23385.021 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 23727.613 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-GOL / | ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.81 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 20% PEG3,350, 0.04 M Citrate, 0.06 M BTP, pH6.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Sep 24, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.716→43.705 Å / Num. obs: 92819 / % possible obs: 95.5 % / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/av σ(I): 20.618 / Net I/σ(I): 9.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.72→1.78 Å / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.487 / CC1/2: 0.757 / % possible all: 94.6 |
-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 1FVE Resolution: 1.716→43.705 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 25.82
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 101.54 Å2 / Biso mean: 27.8452 Å2 / Biso min: 6.69 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.716→43.705 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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