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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6aw2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the HopQ-CEACAM1 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of endothelial cell differentiation / insulin receptor internalization / negative regulation of cytotoxic T cell degranulation / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / regulation of homophilic cell adhesion / regulation of sprouting angiogenesis / regulation of blood vessel remodeling / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target ...regulation of endothelial cell differentiation / insulin receptor internalization / negative regulation of cytotoxic T cell degranulation / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / regulation of homophilic cell adhesion / regulation of sprouting angiogenesis / regulation of blood vessel remodeling / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of lipid biosynthetic process / filamin binding / bile acid transmembrane transporter activity / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / regulation of endothelial cell migration / negative regulation of granulocyte differentiation / Fibronectin matrix formation / insulin catabolic process / common myeloid progenitor cell proliferation / negative regulation of interleukin-1 production / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of vasculogenesis / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / regulation of immune system process / negative regulation of platelet aggregation / bile acid and bile salt transport / negative regulation of vascular permeability / wound healing, spreading of cells / transport vesicle membrane / microvillus membrane / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / blood vessel development / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / tertiary granule membrane / lateral plasma membrane / specific granule membrane / regulation of cell migration / protein tyrosine kinase binding / basal plasma membrane / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / integrin-mediated signaling pathway / regulation of cell growth / Cell surface interactions at the vascular wall / 接着結合 / negative regulation of protein kinase activity / kinase binding / cellular response to insulin stimulus / cell-cell junction / 遊走 / 細胞結合 / actin binding / protein phosphatase binding / 血管新生 / protein dimerization activity / calmodulin binding / 細胞接着 / apical plasma membrane / Neutrophil degranulation / 細胞膜 / シグナル伝達 / protein homodimerization activity / extracellular exosome / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Helicobacter pylori (ピロリ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å | ||||||
データ登録者 | Bonsor, D.A. / Sundberg, E.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 2018 タイトル: TheHelicobacter pyloriadhesin protein HopQ exploits the dimer interface of human CEACAMs to facilitate translocation of the oncoprotein CagA. 著者: Bonsor, D.A. / Zhao, Q. / Schmidinger, B. / Weiss, E. / Wang, J. / Deredge, D. / Beadenkopf, R. / Dow, B. / Fischer, W. / Beckett, D. / Wintrode, P.L. / Haas, R. / Sundberg, E.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6aw2.cif.gz | 101.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6aw2.ent.gz | 74.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6aw2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/6aw2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/6aw2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12101.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEACAM1, BGP, BGP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13688 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 47027.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: hopQ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H6A3H4 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.97 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG 6000, 0.1M HEPES , pH 7.5, 0.2M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月13日 / 詳細: Rh coated |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.68→103.08 Å / Num. obs: 13386 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.68→2.81 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.818 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 1673 / Rpim(I) all: 0.664 / % possible all: 94.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5lp2 2gk2 解像度: 2.68→103.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 19.793 / SU ML: 0.374 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.395 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS #Refmac command script from PDB_REDO 6.28 # #Use of riding hydrogens make hydrogen ALL #B-factor model selection refi bref ISOT #Solvent ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS #Refmac command script from PDB_REDO 6.28 # #Use of riding hydrogens make hydrogen ALL #B-factor model selection refi bref ISOT #Solvent related settings scal type SIMP lssc function a sigma n solvent YES solvent vdwprobe 1.0 ionprobe 0.9 rshrink 0.9 tlsd waters exclude #Restraint weights weight MATRIX 0.005 temp 1.00
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.376 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.68→103.08 Å
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拘束条件 |
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