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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6avz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the HopQ-CEACAM3 WT complex | ||||||
要素 |
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キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of immune system process / specific granule membrane / protein tyrosine kinase binding / Cell surface interactions at the vascular wall / Neutrophil degranulation / 細胞膜 / シグナル伝達 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) Homo sapiens (ヒト) Helicobacter pylori P12 (ピロリ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Bonsor, D.A. / Sundberg, E.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 2018 タイトル: TheHelicobacter pyloriadhesin protein HopQ exploits the dimer interface of human CEACAMs to facilitate translocation of the oncoprotein CagA. 著者: Bonsor, D.A. / Zhao, Q. / Schmidinger, B. / Weiss, E. / Wang, J. / Deredge, D. / Beadenkopf, R. / Dow, B. / Fischer, W. / Beckett, D. / Wintrode, P.L. / Haas, R. / Sundberg, E.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6avz.cif.gz | 100.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6avz.ent.gz | 77.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6avz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/6avz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/6avz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47027.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: hopQ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H6A3H4 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 12045.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEACAM3, CD66D, CGM1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40198 | ||
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 273.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Helicobacter pylori P12 (ピロリ菌) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.51 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 20% w/v PEG 3000, 0.1 M Bis-Tris-HCl, pH 6.5, 0.2 M calcium acetate, 1 % v/v glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月19日 / 詳細: Adjustable focus K-B pair Si plus Pt, Rh coatings |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→103.26 Å / Num. obs: 29535 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.3 % / Rpim(I) all: 0.043 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.11 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.897 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 2202 / Rpim(I) all: 0.719 / % possible all: 97.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→103.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 5.543 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.185 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.358 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.05→103.26 Å
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拘束条件 |
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