+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zy5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | spCOMT apo structure | ||||||
要素 | Probable catechol O-methyltransferase 1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / catechol-O-methyltransferase (カテコール-O-メチルトランスフェラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Enzymatic degradation of dopamine by COMT / カテコール-O-メチルトランスフェラーゼ / catecholamine metabolic process / O-methyltransferase activity / メチル化 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.295 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, Q. / Xu, L. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: structural and functional investigations of spCOMT 著者: Wang, Q. / Li, X. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5zy5.cif.gz | 109.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5zy5.ent.gz | 82.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5zy5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/5zy5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/5zy5 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 4pyjS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31413.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: SPBC119.03 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 参照: UniProt: O42898, カテコール-O-メチルトランスフェラーゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.44 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 21% PEG 4000, 0.1M MES pH5.6, 0.15M (NH4)2SO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.29→50 Å / Num. obs: 27483 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 18.68 |
反射 シェル | 解像度: 2.29→2.38 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.371 / Num. unique obs: 2744 / Rsym value: 0.371 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4pyj 解像度: 2.295→35.055 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.08
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.295→35.055 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|