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- PDB-5zq8: Crystal structure of spRlmCD with U747 stemloop RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zq8
タイトルCrystal structure of spRlmCD with U747 stemloop RNA
要素
  • RNA (5'-R(*CP*CP*GP*UP*(MUM)P*GP*AP*AP*AP*AP*GP*G)-3')
  • Uncharacterized RNA methyltransferase SP_1029
キーワードTRANSFERASE/RNA / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / ribosome (リボソーム) / 23S RNA / Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / RNAエディティング / RNA methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / メチル化
類似検索 - 分子機能
RNA methyltransferase TrmA, active site / RNA methyltransferase TrmA, conserved site / RNA methyltransferase trmA family signature 1. / RNA methyltransferase trmA family signature 2. / (Uracil-5)-methyltransferase family / tRNA (Uracil-5-)-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase RNA m(5)U-type domain profile. / TRAM domain / TRAM domain / TRAM domain profile. ...RNA methyltransferase TrmA, active site / RNA methyltransferase TrmA, conserved site / RNA methyltransferase trmA family signature 1. / RNA methyltransferase trmA family signature 2. / (Uracil-5)-methyltransferase family / tRNA (Uracil-5-)-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase RNA m(5)U-type domain profile. / TRAM domain / TRAM domain / TRAM domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / S-アデノシル-L-ホモシステイン / リボ核酸 / RNA (> 10) / Uncharacterized RNA methyltransferase SP_1029
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae serotype 4 (肺炎レンサ球菌)
Streptococcus pneumoniae TIGR4 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Jiang, Y.Y. / Yu, H.L.
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2018
タイトル: Unveiling the structural features that determine the dual methyltransferase activities of Streptococcus pneumoniae RlmCD
著者: Jiang, Y. / Yu, H. / Li, F. / Cheng, L. / Zhu, L. / Shi, Y. / Gong, Q.
履歴
登録2018年4月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Uncharacterized RNA methyltransferase SP_1029
A: Uncharacterized RNA methyltransferase SP_1029
C: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*UP*(MUM)P*GP*AP*AP*AP*AP*GP*G)-3')
D: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*UP*(MUM)P*GP*AP*AP*AP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,4098
ポリマ－110,5234
非ポリマー8864
水1,20767
1
B: Uncharacterized RNA methyltransferase SP_1029
C: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*UP*(MUM)P*GP*AP*AP*AP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7054
ポリマ－55,2612
非ポリマー4432
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area20430 Å2
手法PISA
2
A: Uncharacterized RNA methyltransferase SP_1029
D: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*UP*(MUM)P*GP*AP*AP*AP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7054
ポリマ－55,2612
非ポリマー4432
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area20130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.230, 62.259, 79.818
Angle α, β, γ (deg.)74.580, 85.470, 65.030
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 1 - 454 / Label seq-ID: 1 - 454

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BA
2AB

-
要素

#1: タンパク質 Uncharacterized RNA methyltransferase SP_1029


分子量: 51386.047 Da / 分子数: 2 / 変異: E443Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: SP_1029
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q97R12, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*CP*GP*UP*(MUM)P*GP*AP*AP*AP*AP*GP*G)-3')


分子量: 3875.427 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptococcus pneumoniae TIGR4 (肺炎レンサ球菌)
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M sodium acetate, pH5.2, 20%(w/v) PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→56.37 Å / Num. obs: 48209 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 176570
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.18-2.293.50.5511929954690.8910.3380.6472.267.9
6.88-56.373.60.081612217210.990.0490.09511.698.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XJ1

5xj1


解像度: 2.18→56.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 12.562 / SU ML: 0.297 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.4 / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3033 2293 4.8 %RANDOM
Rwork0.2454 ---
obs0.248 45786 87.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 123.26 Å2 / Biso mean: 39.567 Å2 / Biso min: 17.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.18→56.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6978 516 54 67 7615
Biso mean--56.84 31.83 -
残基数----932
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0147741
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176755
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3181.63610619
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8621.69615736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8345906
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.90423.419351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.887151187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8991535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.21062
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028379
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021409
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 13362 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1B
2A
LS精密化 シェル解像度: 2.176→2.232 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 205 -
Rwork0.366 3630 -
all-3835 -
obs--93.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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