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- PDB-5zq0: Crystal structure of spRlmCD with U747loop RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zq0
タイトルCrystal structure of spRlmCD with U747loop RNA
要素
  • RNA (5'-R(*GP*UP*(MUM)P*GP*AP*AP*AP*A)-3')
  • Uncharacterized RNA methyltransferase SP_1029
キーワードTRANSFERASE/RNA / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / Ribosome (リボソーム) / 23S RNA / Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / RNAエディティング / RNA methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / メチル化
類似検索 - 分子機能
RNA methyltransferase TrmA, active site / RNA methyltransferase TrmA, conserved site / RNA methyltransferase trmA family signature 1. / RNA methyltransferase trmA family signature 2. / (Uracil-5)-methyltransferase family / tRNA (Uracil-5-)-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase RNA m(5)U-type domain profile. / TRAM domain / TRAM domain / TRAM domain profile. ...RNA methyltransferase TrmA, active site / RNA methyltransferase TrmA, conserved site / RNA methyltransferase trmA family signature 1. / RNA methyltransferase trmA family signature 2. / (Uracil-5)-methyltransferase family / tRNA (Uracil-5-)-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase RNA m(5)U-type domain profile. / TRAM domain / TRAM domain / TRAM domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
S-アデノシル-L-ホモシステイン / リボ核酸 / Uncharacterized RNA methyltransferase SP_1029
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae serotype 4 (肺炎レンサ球菌)
Streptococcus pneumoniae TIGR4 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Jiang, Y.Y. / Yu, H.L.
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2018
タイトル: Unveiling the structural features that determine the dual methyltransferase activities of Streptococcus pneumoniae RlmCD
著者: Jiang, Y. / Yu, H. / Li, F. / Cheng, L. / Zhu, L. / Shi, Y. / Gong, Q.
履歴
登録2018年4月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized RNA methyltransferase SP_1029
B: RNA (5'-R(*GP*UP*(MUM)P*GP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2623
ポリマ－53,8782
非ポリマー3841
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area19960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.412, 95.809, 114.208
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized RNA methyltransferase SP_1029


分子量: 51303.023 Da / 分子数: 1 / 変異: Q443E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: SP_1029
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q97R12, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*UP*(MUM)P*GP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 2574.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptococcus pneumoniae TIGR4 (肺炎レンサ球菌)
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 36%(w/v) PEG600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 35944 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 0.483 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.0312.10.47717670.9520.1430.4990.449100
2.03-2.0711.90.40617760.9670.1230.4240.472100
2.07-2.1111.60.36817400.9630.1130.3850.46100
2.11-2.1511.10.30117960.9780.0950.3160.465100
2.15-2.211.50.27417440.9820.0840.2870.471100
2.2-2.25120.24617880.9860.0740.2570.477100
2.25-2.3112.40.21317450.9890.0630.2220.472100
2.31-2.3712.40.19518110.9910.0580.2040.471100
2.37-2.4412.20.17417490.9940.0520.1820.48100
2.44-2.5212.30.15818000.9940.0470.1650.48100
2.52-2.6112.10.13817650.9940.0410.1440.482100
2.61-2.7111.50.11517830.9960.0350.1210.493100
2.71-2.8411.40.09917850.9960.0310.1040.502100
2.84-2.9912.10.08518100.9970.0250.0890.49100
2.99-3.1712.50.07418060.9980.0220.0770.506100
3.17-3.4212.40.0617940.9980.0180.0620.52899.9
3.42-3.7611.90.0518050.9990.0150.0520.517100
3.76-4.3110.90.04418410.9990.0140.0460.507100
4.31-5.4312.20.04218530.9990.0130.0440.49999.9
5.43-5010.80.0419860.9990.0120.0420.43299.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XJ1

5xj1


解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.204 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.143
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2044 1808 5 %RANDOM
Rwork0.1731 ---
obs0.1746 34074 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 93.15 Å2 / Biso mean: 27.124 Å2 / Biso min: 7.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3608 172 26 204 4010
Biso mean--17.85 29.92 -
残基数----461
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0193911
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023646
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3591.9465324
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93538476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5325456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.41825.088171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.915685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9691519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2610
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024177
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02740
LS精密化 シェル解像度: 2.001→2.053 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 142 -
Rwork0.192 2446 -
all-2588 -
obs--98.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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