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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zj3 | ||||||
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タイトル | Textilinin-1, A Kunitz-Type Serine Protease Inhibitor From pichia expression system | ||||||
要素 | Kunitz-type serine protease inhibitor textilinin-1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE INHIBITOR / Textilinin-1 / A Kunitz-Type Serine Protease Inhibitor From | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 suppression of blood coagulation in another organism / serine-type endopeptidase inhibitor activity / toxin activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudonaja textilis textilis (コブラ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.88 Å | ||||||
データ登録者 | Ou, X.J. / li, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Textilinin-1, A Kunitz-Type Serine Protease Inhibitor expressed from picha system by LIAONING GRAND NUOKANG BIOPHARMACEUTICAL CO.,LTD 著者: Ou, X.J. / Li, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5zj3.cif.gz | 47.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5zj3.ent.gz | 37.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5zj3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/5zj3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/5zj3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6698.442 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudonaja textilis textilis (コブラ) 発現宿主: Pichia (菌類) / 参照: UniProt: Q90WA1 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.44 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M Na HEPES, 2%(v/v) PEG 400, Mammonium sulfate, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX SX-165mm / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月1日 |
放射 | モノクロメーター: double mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 16431 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14 % / Net I/σ(I): 6.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.91 Å / Num. unique obs: 808 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.88→38.686 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.57
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / Bsol: 40.24 Å2 / ksol: 0.397 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.88→38.686 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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