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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zcx | ||||||
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タイトル | Structure of T20/N39 | ||||||
要素 |
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キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / 6-HB / helices (螺旋) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / : / Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity ...virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / : / Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / viral protein processing / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.299 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, X.J. / Ding, X.H. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: AIDS / 年: 2019 タイトル: Structural and functional characterization of HIV-1 cell fusion inhibitor T20. 著者: Zhang, X. / Ding, X. / Zhu, Y. / Chong, H. / Cui, S. / He, J. / Wang, X. / He, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5zcx.cif.gz | 75.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5zcx.ent.gz | 61.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5zcx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/5zcx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/5zcx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4237.882 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 参照: UniProt: C4MJC7, UniProt: P04578*PLUS #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4479.885 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 参照: UniProt: Q6TAQ3, UniProt: P04578*PLUS #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.84 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.05 M caesium chloride 0.1 M MES pH 6.5 30 % v/v Jeffamine M-600 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9796 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.299→40 Å / Num. obs: 9725 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 4.51 |
反射 シェル | 解像度: 2.299→2.381 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.299→37.535 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.93
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.299→37.535 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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