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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5z81 | ||||||
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タイトル | Trimeric structure of Vibrio cholerae Heat Shock Protein 15 at 2.3 Angstrom resolution | ||||||
![]() | Heat shock protein 15![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Roy Chowdhury, S. / Sen, U. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Trimeric structure of Vibrio cholerae Heat Shock Protein 15 at 2.3 Angstrom resolution 著者: Roy Chowdhury, S. / Sen, U. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 142.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 113.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 14878.106 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cytoplasm 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / 細胞株: XL1Blue / 遺伝子: VC0395_A2308 / プラスミド: pET28 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: A0A0H3AM46 #2: 化合物 | ![]() #3: 化合物 | ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 % |
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結晶化![]() | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 2.4M Ammonium Sulphate, 5% MPD. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293.15 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2014年7月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.33→39.35 Å / Num. obs: 15374 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 2.02 % / Rmerge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 5.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.33→2.34 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.334→39.354 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 23.43 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.334→39.354 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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