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- PDB-2q1m: Crystal Structure of human GITRL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q1m
タイトルCrystal Structure of human GITRL
要素Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18
キーワードSIGNALING PROTEIN / GITRL / Glucocorticoid-Induced TNF Receptor Ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


tumor necrosis factor receptor superfamily binding / TNFs bind their physiological receptors / positive regulation of leukocyte migration / regulation of T cell proliferation / T cell proliferation involved in immune response / positive regulation of cell adhesion / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / cytokine activity / cell-cell signaling ...tumor necrosis factor receptor superfamily binding / TNFs bind their physiological receptors / positive regulation of leukocyte migration / regulation of T cell proliferation / T cell proliferation involved in immune response / positive regulation of cell adhesion / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / cytokine activity / cell-cell signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / 獲得免疫系 / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / 細胞膜 / シグナル伝達 / extracellular space / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18 / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chattopadhyay, K. / Ramagopal, U.A. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2007
タイトル: Assembly and structural properties of glucocorticoid-induced TNF receptor ligand: Implications for function.
著者: Chattopadhyay, K. / Ramagopal, U.A. / Mukhopadhaya, A. / Malashkevich, V.N. / Dilorenzo, T.P. / Brenowitz, M. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.
履歴
登録2007年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6881
ポリマ－14,6881
非ポリマー00
水75742
1
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18

A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18

A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0633
ポリマ－44,0633
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.691, 72.691, 53.101
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
詳細The biological unit is a trimer

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18 / Glucocorticoid-induced TNF-related ligand / hGITRL / Activation-inducible TNF-related ligand / AITRL


分子量: 14687.742 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular, TNF homology domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFSF18, AITRL, GITRL, TL6 / プラスミド: pET-14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q9UNG2
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.1 M Sodium Acetate pH 4.5, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X4A10.9795
シンクロトロンNSLS X29A21.009
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2006年4月8日
ADSC QUANTUM 3152CCD2006年4月16日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
21.0091
Reflection冗長度: 16.9 % / Av σ(I) over netI: 6.1 / 数: 180253 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Χ2: 1.05 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 10652 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.385099.810.082.09216.6
4.275.3899.910.0941.9716.5
3.734.2710010.1071.8516.9
3.393.7310010.1191.3817.1
3.153.3910010.1690.88817
2.963.1510010.2370.64517.1
2.822.9610010.3430.51517.2
2.692.8210010.5190.43617.1
2.592.6910010.6790.41117
2.52.5910010.37316.7
反射解像度: 2.3→21.7 Å / Num. all: 7131 / Num. obs: 7131 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 1.296 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 10.8 % / Num. unique all: 693 / Χ2: 1.029 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→21.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 6.671 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.299 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 331 4.7 %RANDOM
Rwork0.215 ---
all0.217 7117 --
obs0.217 7117 99.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.64 Å20.32 Å20 Å2
2--0.64 Å20 Å2
3----0.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→21.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数947 0 0 42 989
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.022974
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4311.951331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3275121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.98126.52246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.09915167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.478151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02748
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2402
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.2643
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2490.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1730.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8991.5615
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5392968
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6353424
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4444.5362
LS精密化 シェル解像度: 2.304→2.363 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.407 17 -
Rwork0.32 465 -
obs-482 93.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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