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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5z6c | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Bacillus subtilis sugar-binding protein YesO involved in import of rhamnogalacturonan | ||||||
要素 | Putative ABC transporter substrate-binding protein YesO | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter substrate-binding protein / sugar transport | ||||||
機能・相同性 | : / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Putative ABC transporter substrate-binding protein YesO 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å | ||||||
データ登録者 | Sugiura, H. / Oiki, S. / Mikami, B. / Murata, K. / Hashimoto, W. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of Bacillus subtilis sugar-binding protein YesO involved in import of rhamnogalacturonan 著者: Sugiura, H. / Oiki, S. / Mikami, B. / Murata, K. / Hashimoto, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5z6c.cif.gz | 91.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5z6c.ent.gz | 66.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5z6c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5z6c_validation.pdf.gz | 426 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5z6c_full_validation.pdf.gz | 430.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5z6c_validation.xml.gz | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5z6c_validation.cif.gz | 22.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/5z6c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/5z6c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4r6kS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48390.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: yesO, BSU06970 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O31518 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.62 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M MIB (sodium malonate, imidazole, boric acid) buffer (pH 6.0), 25% (w/v) PEG-1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 42265 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 3.06 / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4R6K 解像度: 1.97→37.261 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 26.89
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→37.261 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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