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- PDB-5yvz: Crystal structure of the Kdo hydroxylase KdoO, a non-heme Fe(II) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yvz
タイトルCrystal structure of the Kdo hydroxylase KdoO, a non-heme Fe(II) alphaketoglutarate dependent dioxygenase in complex with alphaketoglutarate and Fe(III)
要素Uncharacterized protein KdoO
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / Fe(II)/O2/alphaketoglutarate dependent dioxygenase / KDO2-lipid A dioxygenase / deoxysugar dioxygenase / LPS biosynthesis
機能・相同性Kdo hydroxylase / 3-deoxy-D-manno-oct-2-ulosonic acid (Kdo) hydroxylase / 酢酸塩 / 2-OXOGLUTARIC ACID / : / 3-deoxy-D-manno-oct-2-ulosonic acid (Kdo) hydroxylase
機能・相同性情報
生物種Methylacidiphilum infernorum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Chung, H.S. / Pemble, C.W. / Joo, S.H. / Raetz, C.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
NIH 米国
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Biochemical and Structural Insights into an Fe(II)/ alpha-Ketoglutarate/O2-Dependent Dioxygenase, Kdo 3-Hydroxylase (KdoO).
著者: Joo, S.H. / Pemble, C.W. / Yang, E.G. / Raetz, C.R.H. / Chung, H.S.
履歴
登録2017年11月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein KdoO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,52411
ポリマ－36,2391
非ポリマー1,28510
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area190 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.710, 59.204, 116.264
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Uncharacterized protein KdoO / 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid hydorxylase / Kdo hydroxylase


分子量: 36239.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylacidiphilum infernorum (isolate V4) (バクテリア)
遺伝子: Minf_1012 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3DUR4

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非ポリマー , 7種, 176分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸 / Α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.33 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M Sodium acetate (pH=4.5), 200mM Lithium sulfate, 50 % v/v PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 41701 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 19.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Χ2: 1.434 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.6-1.637.30.46818280.717186.5
1.63-1.667.60.46819120.74192.2
1.66-1.698.10.44419770.721194.5
1.69-1.728.60.38120320.772198.3
1.72-1.769.20.34120520.819197.3
1.76-1.89.80.29920620.894198.8
1.8-1.85100.26920800.979199
1.85-1.910.30.23920771.084199.4
1.9-1.9510.40.20120781.223199.2
1.95-2.0210.40.18121071.321199.2
2.02-2.0910.40.15620941.496199.7
2.09-2.1710.50.14421091.5541100
2.17-2.2710.60.13421271.531199.9
2.27-2.3910.70.12620921.619199.8
2.39-2.5410.70.12121341.7811100
2.54-2.74110.11221271.7031100
2.74-3.0111.20.10321581.8511100
3.01-3.4511.30.09221542.0861100
3.45-4.34110.08121922.21100
4.34-50100.08323092.226199.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5Y7S

5y7s
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.6→34.547 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1822 2082 5 %
Rwork0.1595 --
obs0.1607 41632 97.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 104.94 Å2 / Biso mean: 29.4555 Å2 / Biso min: 11.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→34.547 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2373 0 73 166 2612
Biso mean--54.93 39.18 -
残基数----294
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052516
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.793387
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054361
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005431
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8091525
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5997-1.6370.2661170.20312246236385
1.637-1.67790.18511330.19322486261994
1.6779-1.72330.22731330.17262558269197
1.7233-1.7740.19381390.16522598273798
1.774-1.83120.16851380.15652645278399
1.8312-1.89670.21471400.15692627276799
1.8967-1.97260.17581380.15442667280599
1.9726-2.06240.16571380.152426362774100
2.0624-2.17110.19281410.152626722813100
2.1711-2.30710.16811410.154326772818100
2.3071-2.48520.21371410.1626772818100
2.4852-2.73520.17371420.161927032845100
2.7352-3.13070.19291440.165127352879100
3.1307-3.94350.15841450.144927612906100
3.9435-34.55490.18181520.16582862301499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.83030.55360.77442.60320.4872.725-0.0054-0.14360.07770.2024-0.0492-0.1191-0.16850.03040.03050.1155-0.00290.0220.11840.00050.1322-3.13353.3933-6.08
20.35330.73390.46258.08117.31486.760.1277-0.1564-0.29820.1940.804-1.78630.35580.992-0.78130.2978-0.014-0.00450.3974-0.05080.569814.9546-2.2915-17.636
30.4922-0.07820.01091.80830.16670.9180.05030.0416-0.03290.0121-0.0453-0.06920.12760.0509-0.0130.10270.0028-0.00090.1237-0.00270.10271.9383-11.5084-17.0725
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 127 )A11 - 127
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 128 through 145 )A128 - 145
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 146 through 307 )A146 - 307

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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