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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5y3c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of zebrafish Ccd1 DIX domain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Dixin-A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() camera-type eye development / canonical Wnt signaling pathway / forebrain development / ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Terawaki, S. / Shibata, N. / Higuchi, Y. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural basis for Ccd1 auto-inhibition in the Wnt pathway through homomerization of the DIX domain. Authors: Terawaki, S.I. / Fujita, S. / Katsutani, T. / Shiomi, K. / Keino-Masu, K. / Masu, M. / Wakamatsu, K. / Shibata, N. / Higuchi, Y. #1: Journal: Nat. Struct. Mol. Biol. / Year: 2007 Title: The DIX domain of Dishevelled confers Wnt signaling by dynamic polymerization. Authors: Schwarz-Romond, T. / Fiedler, M. / Shibata, N. / Butler, P.J. / Kikuchi, A. / Higuchi, Y. / Bienz, M. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 51.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 35.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5y3bSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 9598.747 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 356-438 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.79 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 283 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 14% poly(acrylic acid sodium salt) 5100, 100 mM HEPES-Na (pH 7.5), 20 mM MgCl2, 10 mM TCEP-HCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 21, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.96→50 Å / Num. obs: 7076 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 9 % / Net I/σ(I): 35.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 5Y3B Resolution: 1.96→23.362 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 22.06
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.96→23.362 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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