+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xpc | ||||||
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Title | Crystal Structure of Drep4 CIDE domain | ||||||
Components | DNAation factor-related protein 4 | ||||||
Keywords | APOPTOSIS / Energy metabolism / DNA Fragmentation Factor / drep4 / CIDE | ||||||
Function / homology | Function and homology information Apoptosis induced DNA fragmentation / DNA nuclease activity / apoptotic DNA fragmentation / DNA endonuclease activity / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Drosophila melanogaster (fruit fly) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.902 Å | ||||||
Authors | Park, H.H. / Jeong, J.H. | ||||||
Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2017 Title: CIDE domains form functionally important higher-order assemblies for DNA fragmentation. Authors: Choi, J.Y. / Qiao, Q. / Hong, S.H. / Kim, C.M. / Jeong, J.H. / Kim, Y.G. / Jung, Y.K. / Wu, H. / Park, H.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5xpc.cif.gz | 188.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5xpc.ent.gz | 153.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5xpc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/5xpc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/5xpc | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4d2kC 5xpbS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 11216.620 Da / Num. of mol.: 5 / Fragment: UNP RESIDUES 39-130 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) / Gene: Drep4, Drep-4, drep4, Rep4, CG9414, Dmel_CG9414 / Plasmid: pOKD / Details (production host): non-commercial / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9V3H0 #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.16 Å3/Da / Density % sol: 61.13 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.1 M tris-hydrochloride pH 8.5, 20 mM ammonium phosphate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 5C (4A) / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 3, 2014 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 56853 / % possible obs: 99.98 % / Redundancy: 7.2 % / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 0.352 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.93 Å / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.0366 / Num. unique obs: 5578 / Rsym value: 0.706 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5XPB Resolution: 1.902→35.068 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 21.45
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.902→35.068 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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