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- PDB-5ygr: Crystal structure of PLP bound Diaminopropionate ammonia lyase fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ygr
タイトルCrystal structure of PLP bound Diaminopropionate ammonia lyase from Salmonella typhimurium
要素(Diaminopropionate ammonia ...) x 2
キーワードLYASE (リアーゼ) / dimer / internal aldimine
機能・相同性
機能・相同性情報


diaminopropionate ammonia-lyase / diaminopropionate ammonia-lyase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Diaminopropionate ammonia-lyase / Diaminopropionate ammonia-lyase, subgroup / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / リン酸塩 / Diaminopropionate ammonia-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Geeta, D. / Shveta, B. / Shavithri, H.S. / Murthy, M.R.N.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of BiotechnologyBT/ PR7021/BRB/10/1142/2012 インド
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: Comparative structural and enzymatic studies on Salmonella typhimurium diaminopropionate ammonia lyase reveal its unique features
著者: Deka, G. / Bisht, S. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N.
履歴
登録2017年9月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diaminopropionate ammonia lyase
B: Diaminopropionate ammonia lyase
C: Diaminopropionate ammonia lyase
D: Diaminopropionate ammonia lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,58824
ポリマ－180,9194
非ポリマー1,67020
水10,503583
1
A: Diaminopropionate ammonia lyase
B: Diaminopropionate ammonia lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,99415
ポリマ－89,9242
非ポリマー1,07113
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Diaminopropionate ammonia lyase
D: Diaminopropionate ammonia lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,5949
ポリマ－90,9952
非ポリマー5997
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.890, 128.440, 138.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.28, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYAA8 - 4018 - 401
21GLYGLYBB8 - 4018 - 401
12ASNASNAA8 - 4008 - 400
22ASNASNCC8 - 4008 - 400
13GLYGLYAA8 - 4018 - 401
23GLYGLYDD8 - 4018 - 401
14ALAALABB8 - 4048 - 404
24ALAALACC8 - 4048 - 404
15ALAALABB8 - 4048 - 404
25ALAALADD8 - 4048 - 404
16ALAALACC8 - 4048 - 404
26ALAALADD8 - 4048 - 404

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

-
Diaminopropionate ammonia ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Diaminopropionate ammonia lyase


分子量: 44426.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: ygeX / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS
参照: UniProt: P40817*PLUS, diaminopropionate ammonia-lyase
#2: タンパク質 Diaminopropionate ammonia lyase


分子量: 45497.441 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: ygeX / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS
参照: UniProt: P40817*PLUS, diaminopropionate ammonia-lyase

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非ポリマー , 4種, 603分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 583 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.45 % / 解説: Thin plate like crystals
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.6
詳細: 20%(w/v) PEG4000, 20%(v/v) 2-propanol, 100mM sodium citrate pH 5.6, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.956 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月25日
放射モノクロメーター: Si(III) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.956 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→77.16 Å / Num. obs: 58141 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 28.2 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.07 / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 8417 / CC1/2: 0.83 / Rpim(I) all: 0.33 / Rsym value: 0.73 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
iMOSFLMdata processing
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D9G

4d9g


解像度: 2.5→77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 13.51 / SU ML: 0.296 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.705 / ESU R Free: 0.35 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29919 2802 4.8 %RANDOM
Rwork0.23651 ---
obs0.23953 55329 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.533 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å2-0.01 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10976 0 98 583 11657
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01911328
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0210168
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4571.95315430
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.107323235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.64951496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.91724.424434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.39151558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3981540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21735
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02113130
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022554
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5564.546029
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5534.546028
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.3316.8017504
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.3316.8017505
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5754.6475299
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5454.6355263
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.3556.8787871
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.03536.97213272
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.03536.97413273
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A172620.07
12B172620.07
21A197920.05
22C197920.05
31A192530.07
32D192530.07
41B181940.07
42C181940.07
51B191180.06
52D191180.06
61C204150.07
62D204150.07
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 206 -
Rwork0.321 4065 -
obs--99.7 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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