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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xjb | ||||||
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タイトル | The Crystal Structure of the Minimal Core Domain of the Microtubule Depolymerizer KIF2C Complexed with ADP-Mg-BeFx | ||||||
要素 | Kinesin-like protein KIF2C | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Kinesin (キネシン) / Microtubule (微小管) / tubulin (チューブリン) / KIF2 / MCAK / depolymerization | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of chromosome segregation / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / metaphase chromosome alignment / Kinesins / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / RHO GTPases Activate Formins ...regulation of chromosome segregation / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / metaphase chromosome alignment / Kinesins / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / microtubule plus-end / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / MHC class II antigen presentation / microtubule plus-end binding / microtubule depolymerization / microtubule motor activity / kinesin complex / mitotic metaphase chromosome alignment / microtubule-based movement / chromosome, centromeric region / 動原体 / spindle / microtubule cytoskeleton / microtubule binding / 微小管 / 細胞分裂 / 中心体 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Ogawa, T. / Jiang, X. / Hirokawa, N. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2017 タイトル: Mechanism of Catalytic Microtubule Depolymerization via KIF2-Tubulin Transitional Conformation 著者: Ogawa, T. / Saijo, S. / Shimizu, N. / Jiang, X. / Hirokawa, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xjb.cif.gz | 151.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xjb.ent.gz | 115.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xjb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/5xjb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/5xjb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48453.543 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 184-585 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kif2c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q922S8 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.62 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: potassium sodium tartrate tetrahydrate, MES, pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 98 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 21151 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 23.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.18 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.639 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1561 / Rpim(I) all: 0.23 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1V8K 解像度: 3.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 19.877 / SU ML: 0.342 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.426 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 172.98 Å2 / Biso mean: 79.629 Å2 / Biso min: 30 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.1→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.1→3.18 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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