+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hx6 | ||||||
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Title | Streptomyces globisporus C-1027 NADH:FAD oxidoreductase SgcE6 | ||||||
Components | Oxidoreductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro | ||||||
Function / homology | Function and homology information FAD reductase (NADH) / oxidoreductase activity, acting on the CH-NH group of donors, NAD or NADP as acceptor / antibiotic biosynthetic process / FMN binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptomyces globisporus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.89 Å | ||||||
Authors | Tan, K. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Babnigg, G. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R. / Lohman, J.R. / Ma, M. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. ...Tan, K. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Babnigg, G. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R. / Lohman, J.R. / Ma, M. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro) | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2016 Title: Crystal Structures of SgcE6 and SgcC, the Two-Component Monooxygenase That Catalyzes Hydroxylation of a Carrier Protein-Tethered Substrate during the Biosynthesis of the Enediyne Antitumor ...Title: Crystal Structures of SgcE6 and SgcC, the Two-Component Monooxygenase That Catalyzes Hydroxylation of a Carrier Protein-Tethered Substrate during the Biosynthesis of the Enediyne Antitumor Antibiotic C-1027 in Streptomyces globisporus. Authors: Chang, C.Y. / Lohman, J.R. / Cao, H. / Tan, K. / Rudolf, J.D. / Ma, M. / Xu, W. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R.M. / Bigelow, L. / Babnigg, G. / Yan, X. / Joachimiak, A. / Phillips, G.N. / Shen, B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4hx6.cif.gz | 547.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4hx6.ent.gz | 469.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4hx6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/4hx6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/4hx6 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Details | The chains A and B, C and D, E and F, and G and H form dimers respectively. |
-Components
#1: Protein | Mass: 19949.947 Da / Num. of mol.: 8 / Mutation: R100H Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces globisporus (bacteria) / Gene: Streptomyces globisporus / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE)magic / References: UniProt: Q8GME2 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-ACT / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.42 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES:NaOH, 25% (w/v) PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97912 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 16, 2012 / Details: mirror |
Radiation | Monochromator: Si 111 crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97912 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.89→30.2 Å / Num. all: 104829 / Num. obs: 104829 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 19.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.93 Å / Redundancy: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 4283 / % possible all: 80.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.89→30.121 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.36 / Phase error: 21.77 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.295 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.89→30.121 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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