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- PDB-1y3c: Crystal structure of the complex of subtilisin BPN' with chymotry... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y3c
タイトルCrystal structure of the complex of subtilisin BPN' with chymotrypsin inhibitor 2 R62A mutant
要素
  • chymotrypsin inhibitor 2
  • subtilisin BPN'
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / serine protease (セリンプロテアーゼ) / inhibitor (酵素阻害剤) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


サブチリシン / sporulation resulting in formation of a cellular spore / fibrinolysis / serine-type endopeptidase inhibitor activity / response to wounding / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Trypsin Inhibitor V, subunit A / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I superfamily / Potato inhibitor I family / Potato inhibitor I family signature. / Trypsin Inhibitor V; Chain A / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 ...Trypsin Inhibitor V, subunit A / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I superfamily / Potato inhibitor I family / Potato inhibitor I family signature. / Trypsin Inhibitor V; Chain A / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
クエン酸 / Subtilisin BPN' / Chymotrypsin inhibitor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
Hordeum vulgare (オオムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Radisky, E.S. / Lu, C.J. / Kwan, G. / Koshland Jr., D.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Role of the intramolecular hydrogen bond network in the inhibitory power of chymotrypsin inhibitor 2
著者: Radisky, E.S. / Lu, C.J. / Kwan, G. / Koshland Jr., D.E.
履歴
登録2004年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: subtilisin BPN'
I: chymotrypsin inhibitor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,33811
ポリマ－35,5792
非ポリマー6,7599
水8,539474
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area13200 Å2
手法PISA
2
E: subtilisin BPN'
I: chymotrypsin inhibitor 2
ヘテロ分子

E: subtilisin BPN'
I: chymotrypsin inhibitor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,67522
ポリマ－71,1584
非ポリマー13,51818
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_775-y+2,-x+2,-z+1/61
Buried area5780 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area25400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.873, 93.873, 185.065
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP6522

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 EI

#1: タンパク質 subtilisin BPN' / E.C.3.4.21.62 / Subtilisin Novo / Subtilisin DFE / Alkaline protease


分子量: 28381.396 Da / 分子数: 1 / 変異: C-terminal 6-His tag / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
遺伝子: apr / プラスミド: pSer25 / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 株 (発現宿主): BG2036 / 参照: UniProt: P00782, サブチリシン
#2: タンパク質 chymotrypsin inhibitor 2


分子量: 7197.484 Da / 分子数: 1 / 変異: initiating Met, R62A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hordeum vulgare (オオムギ) / プラスミド: pCI2R62A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q40059

-
非ポリマー , 5種, 483分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#6: 化合物
ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500 / ポリエチレングリコール


分子量: 1529.829 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C69H140O35 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: sodium citrate, isopropanol, PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→81.65 Å / Num. all: 53250 / Num. obs: 50582 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 12.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
TRUNCATEデータ削減
EPMR位相決定
REFMAC5.1.24精密化
CCP4(SCALAデータスケーリング
TRUNCATEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TM3

1tm3


解像度: 1.69→81.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.472 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17786 2668 5 %inherited from 1TM3
Rwork0.14779 ---
all0.1493 53250 --
obs0.1493 50582 97.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.169 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20.18 Å20 Å2
2--0.35 Å20 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→81.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2555 0 94 474 3123
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0212694
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8791.9633650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6895346
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1470.2409
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022008
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.21386
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2370
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0650.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3870.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.20.243
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9661.51718
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.58922774
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7353976
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5064.5875
LS精密化 シェル解像度: 1.69→1.734 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.208 188
Rwork0.206 3626

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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