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- PDB-5xh7: Crystal structure of the Acidaminococcus sp. BV3L6 Cpf1 RR varian... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xh7 | ||||||
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Title | Crystal structure of the Acidaminococcus sp. BV3L6 Cpf1 RR variant in complex with crRNA and target DNA (TCCA PAM) | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE/RNA/DNA / ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Acidaminococcus sp.![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nishimasu, H. / Yamano, T. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Basis for the Altered PAM Recognition by Engineered CRISPR-Cpf1 Authors: Nishimasu, H. / Yamano, T. / Gao, L. / Zhang, F. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 643.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 514.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5xh6C ![]() 5b43S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-DNA chain , 2 types, 2 molecules CD
#3: DNA chain | Mass: 10475.724 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: DNA (30-MER) / Source: (synth.) ![]() |
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#4: DNA chain | Mass: 2964.957 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*A)-3') / Source: (synth.) ![]() |
-Protein / RNA chain , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 151799.359 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: S542R, K607R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: BV3L6 / Gene: cpf1, HMPREF1246_0236 / Production host: ![]() ![]() ![]() References: UniProt: U2UMQ6, ![]() |
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#2: RNA chain | Mass: 13756.139 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: RNA (40-MER) / Source: (synth.) ![]() |
-Non-polymers , 4 types, 705 molecules ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | ChemComp-NA / #6: Chemical | ChemComp-CL / | ![]() #7: Chemical | ChemComp-EDO / ![]() #8: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3 Å3/Da / Density % sol: 59.05 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 7-10% PEG 3350, 100mM sodium acetate, pH 4.5, 10% 1,6-hexanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 18, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2→40 Å / Num. obs: 145886 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.4 % / Net I/σ(I): 10.5 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.0227 Å / CC1/2: 0.841 / Rpim(I) all: 0.466 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 5B43 Resolution: 2→39.999 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 23.7
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→39.999 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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