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- PDB-5wt9: Complex structure of PD-1 and nivolumab-Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wt9
タイトルComplex structure of PD-1 and nivolumab-Fab
要素
  • Heavy Chain of Nivolumab
  • Light Chain of Nivolumab
  • Programmed cell death protein 1PD-1
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / PD-1 (PD-1) / Nivolumab
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of immune response / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / 液性免疫 / PD-1 signaling / regulation of immune response / 獲得免疫系 ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of immune response / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / 液性免疫 / PD-1 signaling / regulation of immune response / 獲得免疫系 / Potential therapeutics for SARS / external side of plasma membrane / apoptotic process / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
PD-1 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 ...PD-1 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.401 Å
データ登録者Tan, S. / Zhang, H. / Chai, Y. / Song, H. / Tong, Z. / Wang, Q. / Qi, J. / Wong, G. / Zhu, X. / Liu, W.J. ...Tan, S. / Zhang, H. / Chai, Y. / Song, H. / Tong, Z. / Wang, Q. / Qi, J. / Wong, G. / Zhu, X. / Liu, W.J. / Gao, S. / Wang, Z. / Shi, Y. / Yang, F. / Gao, G.F. / Yan, J.
資金援助 中国, 6件
組織認可番号国
Scientific Research and Development of China2016YFC1200300 中国
National Natural Science Foundation of China31390432 中国
National Natural Science Foundation of China31500722 中国
Chinese Academy of Sciences153211KYSB20160001 中国
China National Grand S&T Special Project2013ZX10004608-002 中国
National Natural Science Foundation of China81321063 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: An unexpected N-terminal loop in PD-1 dominates binding by nivolumab.
著者: Tan, S. / Zhang, H. / Chai, Y. / Song, H. / Tong, Z. / Wang, Q. / Qi, J. / Wong, G. / Zhu, X. / Liu, W.J. / Gao, S. / Wang, Z. / Shi, Y. / Yang, F. / Gao, G.F. / Yan, J.
履歴
登録2016年12月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Heavy Chain of Nivolumab
L: Light Chain of Nivolumab
G: Programmed cell death protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5374
ポリマ－66,9673
非ポリマー5711
水4,738263
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6080 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area25140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.527, 108.527, 145.423
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: 抗体 Heavy Chain of Nivolumab


分子量: 23679.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Light Chain of Nivolumab


分子量: 23641.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Programmed cell death protein 1 / PD-1 / hPD-1


分子量: 19646.043 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 1-167 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD1, PD1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15116
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97907 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 34630 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.7 % / Net I/σ(I): 32.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EYQ

3eyq


解像度: 2.401→37.1 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2278 1698 4.91 %
Rwork0.187 --
obs0.189 34560 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.401→37.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4128 0 0 263 4391
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114229
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2185754
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.2251546
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087652
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007737
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4007-2.47140.27921390.21592662X-RAY DIFFRACTION99
2.4714-2.55110.22471420.20812681X-RAY DIFFRACTION100
2.5511-2.64230.22971450.20212704X-RAY DIFFRACTION100
2.6423-2.7480.28511480.20572676X-RAY DIFFRACTION100
2.748-2.87310.28561250.2062708X-RAY DIFFRACTION100
2.8731-3.02450.27811540.21792703X-RAY DIFFRACTION100
3.0245-3.21390.26941440.20422719X-RAY DIFFRACTION100
3.2139-3.46180.25091270.19472739X-RAY DIFFRACTION100
3.4618-3.80990.24351370.18832737X-RAY DIFFRACTION100
3.8099-4.36050.18871340.15742787X-RAY DIFFRACTION100
4.3605-5.49090.1651620.14122786X-RAY DIFFRACTION100
5.4909-37.10480.22141410.20372960X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2448-0.2319-0.13130.6980.43430.90740.0497-0.22180.40680.220.0217-0.1534-0.18880.1421-0.09010.3355-0.02640.02010.2829-0.00370.210326.8545-38.9943-25.8441
21.3226-0.3202-0.27451.5297-0.30930.7153-0.06280.0617-0.09310.07050.05540.0321-0.0643-0.0367-0.00250.2067-0.02290.00070.20970.03110.196924.6971-44.2394-32.5502
31.3332-0.3008-0.43040.06630.04481.52930.31150.07530.27230.35140.00440.2028-0.4489-0.2998-0.29670.39680.04920.08890.24930.05430.3574-1.2068-41.0947-13.9857
40.74690.69310.12690.95620.05510.97020.1564-0.02190.1770.1222-0.0699-0.0059-0.0384-0.1291-0.07780.30680.04240.08030.29380.01970.31770.6839-46.4069-9.3938
51.1520.7654-0.59821.8928-1.56723.1170.2365-0.11050.20810.2276-0.21360.068-0.2444-0.0261-0.05580.47520.00490.11530.29910.00270.3745-0.6111-39.3057-3.0052
61.17950.2893-0.46041.2938-0.82454.0594-0.11030.1098-0.1802-0.17640.05940.0690.4053-0.12830.09050.2227-0.00910.02580.19150.01310.21916.633-67.5996-29.2087
71.26270.3150.33341.2212-0.34340.6538-0.0345-0.1059-0.17520.08630.01080.0198-0.07840.28040.00820.27440.03180.0270.23760.03690.263926.713-62.3318-25.5094
81.24610.0702-0.99551.2053-0.91041.5361-0.1148-0.1745-0.12940.1047-0.0012-0.01670.12410.27970.12750.27160.01260.03490.21090.0380.220521.9866-67.3206-23.8623
91.33320.6653-0.79980.6791-1.01751.5296-0.10920.1518-0.13220.0095-0.038-0.1374-0.1059-0.15930.16310.26660.00790.00520.206-0.00280.247613.9748-62.6532-25.5827
101.1316-0.57210.72524.009-0.80751.64220.1695-0.48210.45580.3303-0.0021-0.0958-0.1132-0.2666-0.130.31990.07040.18420.3988-0.00070.4555-13.2548-43.8884-10.9381
111.926-2.10380.67222.955-0.95990.59430.1140.17580.12030.07490.02590.0616-0.071-0.2683-0.18120.29360.03980.07050.38750.06420.3125-7.9323-56.8288-17.2948
121.891-0.69261.21720.8086-0.18170.90760.0133-0.0469-0.10980.17820.15760.2527-0.072-0.4899-0.21720.31630.04630.01590.5020.0930.2803-12.5066-51.9689-23.7759
131.4432-0.65010.32562.5873-0.46640.88470.12040.05550.18820.11590.01020.3621-0.0929-0.3813-0.08720.31550.06880.07310.43850.07560.3069-11.8231-54.4707-15.5146
140.2068-0.4931-0.66713.20451.65842.1606-0.040.1253-0.6919-0.6011-0.0567-0.72750.67450.37660.26330.33330.0583-0.03750.33320.05640.48443.6009-53.7782-33.7665
151.3628-0.3462-0.37171.1820.02081.6-0.1921-0.2473-0.1476-0.0387-0.0031-1.1560.18440.43320.12150.44880.0483-0.08350.63620.13261.113858.3602-63.3791-21.1575
160.97150.8786-0.34862.94980.25621.5922-0.2489-0.4862-0.22330.7498-0.1324-1.44230.42130.36480.34480.76490.129-0.23730.6390.04370.990554.5268-64.8893-16.815
170.5887-1.3824-0.32823.3820.67490.2505-0.265-0.4468-0.13460.3725-0.1959-0.34750.39880.63680.43270.82510.2357-0.30130.89160.17221.641562.6502-69.501-15.2166
183.2936-1.4038-0.67781.0827-0.09330.9576-0.32330.2269-0.7329-0.07750.0267-0.33160.4080.17990.12020.33040.0397-0.00450.35230.03680.735849.9884-64.5827-25.2781
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 33 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 34 through 106 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 107 through 145 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 146 through 190 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 191 through 214 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid -2 through 25 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 26 through 61 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 62 through 90 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 91 through 113 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 114 through 128 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 129 through 150 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 151 through 163 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 164 through 213 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'G' and (resid 25 through 35 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'G' and (resid 36 through 70 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'G' and (resid 71 through 104 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'G' and (resid 105 through 118 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'G' and (resid 119 through 142 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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