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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vkk | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of Fab fragment of anti-CD22 Epratuzumab | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / therapeutic antibody / B cell (B細胞) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / blood microparticle / 免疫応答 / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.014 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Sicard, T. / Ereno-Orbea, J. / Julien, J.P. | ||||||||||||
資金援助 | カナダ, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Molecular basis of human CD22 function and therapeutic targeting. 著者: June Ereño-Orbea / Taylor Sicard / Hong Cui / Mohammad T Mazhab-Jafari / Samir Benlekbir / Alba Guarné / John L Rubinstein / Jean-Philippe Julien / 要旨: CD22 maintains a baseline level of B-cell inhibition to keep humoral immunity in check. As a B-cell-restricted antigen, CD22 is targeted in therapies against dysregulated B cells that cause ...CD22 maintains a baseline level of B-cell inhibition to keep humoral immunity in check. As a B-cell-restricted antigen, CD22 is targeted in therapies against dysregulated B cells that cause autoimmune diseases and blood cancers. Here we report the crystal structure of human CD22 at 2.1 Å resolution, which reveals that specificity for α2-6 sialic acid ligands is dictated by a pre-formed β-hairpin as a unique mode of recognition across sialic acid-binding immunoglobulin-type lectins. The CD22 ectodomain adopts an extended conformation that facilitates concomitant CD22 nanocluster formation on B cells and binding to trans ligands to avert autoimmunity in mammals. We structurally delineate the CD22 site targeted by the therapeutic antibody epratuzumab at 3.1 Å resolution and determine a critical role for CD22 N-linked glycosylation in antibody engagement. Our studies provide molecular insights into mechanisms governing B-cell inhibition and valuable clues for the design of immune modulators in B-cell dysfunction.The B-cell-specific co-receptor CD22 is a therapeutic target for depleting dysregulated B cells. Here the authors structurally characterize the ectodomain of CD22 and present its crystal structure with the bound therapeutic antibody epratuzumab, which gives insights into the mechanism of inhibition of B-cell activation. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vkk.cif.gz | 353 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vkk.ent.gz | 288.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vkk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/5vkk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/5vkk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23741.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: DKFZp686P15220 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6N089 #2: 抗体 | 分子量: 24053.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TCD0 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.82 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 85 mM Tris, pH 8.5, 25.5% PEG 4000 (w/v), 170 mM sodium acetate and 15% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月7日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.014→49.671 Å / Num. obs: 52026 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.957 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rrim(I) all: 0.177 / Χ2: 0.963 / Net I/σ(I): 6.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6ANI 解像度: 2.014→49.671 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.3 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.014→49.671 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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