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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5v4w | ||||||
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タイトル | Human glucokinase in complex with novel indazole activator. | ||||||
要素 | Glucokinaseグルコキナーゼ | ||||||
キーワード | transferase/transferase activator / activator / complex / allosteric (アロステリック効果) / transferase-transferase activator complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective GCK causes maturity-onset diabetes of the young 2 (MODY2) / mannokinase activity / glucose sensor activity / regulation of potassium ion transport / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / glucose catabolic process / glucose 6-phosphate metabolic process ...Defective GCK causes maturity-onset diabetes of the young 2 (MODY2) / mannokinase activity / glucose sensor activity / regulation of potassium ion transport / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / glucose catabolic process / glucose 6-phosphate metabolic process / NADP metabolic process / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / D-glucose binding / cellular response to leptin stimulus / calcium ion import / canonical glycolysis / 解糖系 / regulation of glycolytic process / intracellular glucose homeostasis / Regulation of gene expression in beta cells / regulation of insulin secretion / positive regulation of glycogen biosynthetic process / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of gluconeogenesis / response to glucose / glycolytic process / positive regulation of insulin secretion / cellular response to insulin stimulus / glucose metabolic process / glucose homeostasis / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.39 Å | ||||||
データ登録者 | Skene, R.J. / Hosfield, D.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2017 タイトル: Discovery of potent and orally active 1,4-disubstituted indazoles as novel allosteric glucokinase activators. 著者: Cheruvallath, Z.S. / Gwaltney, S.L. / Sabat, M. / Tang, M. / Wang, H. / Jennings, A. / Hosfield, D. / Lee, B. / Wu, Y. / Halkowycz, P. / Grimshaw, C.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5v4w.cif.gz | 102.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5v4w.ent.gz | 76 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5v4w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/5v4w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/5v4w | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51375.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GCK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35557, グルコキナーゼ |
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#2: 糖 | ChemComp-GLC / |
#3: 化合物 | ChemComp-8WM / ( |
#4: 化合物 | ChemComp-IOD / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.42 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 15% PEG3350, 200 mM ammonium iodide, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1.594 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.594 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→65.94 Å / Num. obs: 19113 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / % possible all: 89.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.39→65.94 Å / SU B: 16.293 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.47 / ESU R Free: 0.284
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.88 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.39→65.94 Å
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