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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5u52 | |||||||||
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タイトル | 2 helix minimized version of the B-domain from Protein A (Z34C0 bound to IgG1 Fc (monoclinic form) | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / 2 helix bundle / Protein A / B-domain / IgG1 fc | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding ...Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / antigen binding / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / blood microparticle / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.942 Å | |||||||||
データ登録者 | Ultsch, M.H. / Eigenbrot, C. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Protein Eng. Des. Sel. / 年: 2017 タイトル: 3-2-1: Structural insights from stepwise shrinkage of a three-helix Fc-binding domain to a single helix. 著者: Ultsch, M. / Braisted, A. / Maun, H.R. / Eigenbrot, C. #1: ジャーナル: J. Immunol. / 年: 2000 タイトル: Mapping of the C1q binding site on rituxan, a chimeric antibody with a human IgG1 Fc. 著者: Idusogie, E.E. / Presta, L.G. / Gazzano-Santoro, H. / Totpal, K. / Wong, P.Y. / Ultsch, M. / Meng, Y.G. / Mulkerrin, M.G. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5u52.cif.gz | 224.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5u52.ent.gz | 180.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5u52.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5u52_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5u52_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5u52_validation.xml.gz | 24.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5u52_validation.cif.gz | 35.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/5u52 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/5u52 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23693.762 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 262-469 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DKFZp686C11235 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: Q6MZV7, UniProt: P01857*PLUS #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4190.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 発現宿主: synthetic construct (人工物) #3: 多糖 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.64 % / 解説: Thin parallelepipeds. |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG monomethyl ether 550, 0.1M bis-tris propane pH 6.5, 0.1M NaCl, 5mg/mL protein concentration. PH範囲: 6.0-7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 170 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.95 Å |
検出器 | タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD / 日付: 1996年10月24日 / 詳細: Monochromatic |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.942→30 Å / Num. obs: 65918 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 23.6 Å2 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 1.942→2.02 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.224 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 94.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1FC1 解像度: 1.942→19.358 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.93 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.942→19.358 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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