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- PDB-5u50: Crystal structure of citrus MAF1 in space group C 2 2 21 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u50
タイトルCrystal structure of citrus MAF1 in space group C 2 2 21
要素Repressor of RNA polymerase III transcription
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / repressor of RNA polymerase III
機能・相同性Repressor of RNA polymerase III transcription Maf1 / Repressor of RNA polymerase III transcription Maf1 superfamily / Maf1 regulator / negative regulation of transcription by RNA polymerase III / 細胞核 / Repressor of RNA polymerase III transcription
機能・相同性情報
生物種Citrus sinensis (オレンジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.902 Å
データ登録者Soprano, A.S. / Giuseppe, P.O. / Nascimento, A.F.Z. / Benedetti, C.E. / Murakami, M.T.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of citrus MAF1 in space group C 2 2 21
著者: Soprano, A.S. / Giuseppe, P.O. / Nascimento, A.F.Z. / Benedetti, C.E. / Murakami, M.T.
履歴
登録2016年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Repressor of RNA polymerase III transcription
B: Repressor of RNA polymerase III transcription
C: Repressor of RNA polymerase III transcription
D: Repressor of RNA polymerase III transcription


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,7054
ポリマ－122,7054
非ポリマー00
水181
1
A: Repressor of RNA polymerase III transcription


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6761
ポリマ－30,6761
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Repressor of RNA polymerase III transcription


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6761
ポリマ－30,6761
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Repressor of RNA polymerase III transcription


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6761
ポリマ－30,6761
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Repressor of RNA polymerase III transcription


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6761
ポリマ－30,6761
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.165, 228.406, 85.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 8 through 53 or resid 73...
21(chain B and (resid 8 through 53 or resid 73...
31(chain C and (resid 8 through 71 or resid 73...
41(chain D and (resid 8 through 53 or resid 59 or resid 78 through 130 or resid 137 through 199))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROLEULEU(chain A and (resid 8 through 53 or resid 73...AA8 - 5349 - 94
12SERSERSERSER(chain A and (resid 8 through 53 or resid 73...AA73114
13LYSLYSGLUGLU(chain A and (resid 8 through 53 or resid 73...AA78 - 130119 - 171
14LEULEUASPASP(chain A and (resid 8 through 53 or resid 73...AA137 - 162178 - 203
15ALAALAASNASN(chain A and (resid 8 through 53 or resid 73...AA173 - 199214 - 240
21PROPROLEULEU(chain B and (resid 8 through 53 or resid 73...BB8 - 5349 - 94
22SERSERSERSER(chain B and (resid 8 through 53 or resid 73...BB73114
23LYSLYSGLUGLU(chain B and (resid 8 through 53 or resid 73...BB78 - 130119 - 171
24LEULEUASPASP(chain B and (resid 8 through 53 or resid 73...BB137 - 162178 - 203
25ALAALAASNASN(chain B and (resid 8 through 53 or resid 73...BB173 - 199214 - 240
31PROPROLEULEU(chain C and (resid 8 through 71 or resid 73...CC8 - 7149 - 112
32SERSERSERSER(chain C and (resid 8 through 71 or resid 73...CC73114
33LYSLYSGLUGLU(chain C and (resid 8 through 71 or resid 73...CC78 - 130119 - 171
34LEULEUASPASP(chain C and (resid 8 through 71 or resid 73...CC137 - 162178 - 203
35ALAALAASNASN(chain C and (resid 8 through 71 or resid 73...CC173 - 199214 - 240
41PROPROLEULEU(chain D and (resid 8 through 53 or resid 59 or resid 78 through 130 or resid 137 through 199))DD8 - 5349 - 94
42SERSERSERSER(chain D and (resid 8 through 53 or resid 59 or resid 78 through 130 or resid 137 through 199))DD59100
43LYSLYSGLUGLU(chain D and (resid 8 through 53 or resid 59 or resid 78 through 130 or resid 137 through 199))DD78 - 130119 - 171
44LEULEUASNASN(chain D and (resid 8 through 53 or resid 59 or resid 78 through 130 or resid 137 through 199))DD137 - 199178 - 240

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要素

#1: タンパク質
Repressor of RNA polymerase III transcription


分子量: 30676.334 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Citrus sinensis (オレンジ) / 遺伝子: MAF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G9I821
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.09 %
結晶化温度: 291.2 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 1 M sodium formate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, dioxane 1%

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.4586 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4586 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→19.977 Å / Num. obs: 30801 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.835 % / Biso Wilson estimate: 83.16 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 1.021 / Net I/σ(I): 15.47 / Num. measured all: 179725
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.9-3.085.4050.8451.9926083491148260.8130.93698.3
3.08-3.296.1530.4723.9228517463846350.9480.51699.9
3.29-3.555.9780.2357.4525783431443130.9820.257100
3.55-3.895.8740.12712.2323491400539990.9940.13999.9
3.89-4.345.9660.07618.9421626362836250.9980.08499.9
4.34-5.015.8590.05227.218836322532150.9980.05699.7
5.01-6.125.8470.05427.3316080275927500.9980.05999.7
6.12-8.595.7610.04234.9512437216321590.9990.04699.8
8.59-19.9775.3730.03147.696872130812790.9990.03497.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.902→19.977 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.07 / 位相誤差: 32.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2599 2709 4.64 %
Rwork0.2221 55701 -
obs0.2237 58410 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 212.65 Å2 / Biso mean: 113.2507 Å2 / Biso min: 50.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.902→19.977 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5689 0 0 1 5690
Biso mean---78.8 -
残基数----680
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045837
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7667873
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047843
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005977
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8763435
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2937X-RAY DIFFRACTION14.444TORSIONAL
12B2937X-RAY DIFFRACTION14.444TORSIONAL
13C2937X-RAY DIFFRACTION14.444TORSIONAL
14D2937X-RAY DIFFRACTION14.444TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9016-2.95420.46691430.42662855299897
2.9542-3.01090.44341350.38642827296298
3.0109-3.07210.39761380.35932970310898
3.0721-3.13870.35391260.348429163042100
3.1387-3.21140.3561730.34782932310599
3.2114-3.29130.28851710.283629303101100
3.2913-3.37990.35131780.26152896307499
3.3799-3.47890.28611630.249229353098100
3.4789-3.59050.2971430.230429073050100
3.5905-3.71810.28781790.220729343113100
3.7181-3.86590.27841390.216929323071100
3.8659-4.04050.23121620.21529403102100
4.0405-4.25160.21861130.187229543067100
4.2516-4.51510.22211010.16432976307799
4.5151-4.8590.21211360.160629483084100
4.859-5.33950.22081380.187129593097100
5.3395-6.09290.2891230.233129693092100
6.0929-7.60540.26211060.252729823088100
7.6054-19.97720.20051420.19352939308199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3993-0.40131.0264.4407-0.94994.2755-0.18820.2438-0.3075-0.1550.0627-0.1415-0.20970.14970.11290.7882-0.09230.21630.4511-0.10870.703812.618714.166810.1542
23.79260.6357-0.10883.17110.12913.1918-0.40730.31860.1456-1.15110.1460.0292-0.40080.05280.2181.5428-0.2349-0.0140.62870.05410.685717.617846.2069-3.0171
32.1221-0.1325-0.01034.3071-0.97052.10070.4416-0.3833-0.10230.6086-0.5495-0.6811-0.39120.32950.09341.3196-0.52220.03340.98150.07240.964148.149741.1194-18.82
42.47581.55360.9194.39710.49743.65330.108-0.096-0.4355-0.1108-0.2951-0.9698-0.09760.63120.2240.8214-0.0538-0.05640.76740.18281.135742.37617.0857-20.7053
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 8 through 199)A8 - 199
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 8 through 201)B8 - 201
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 8 through 200)C8 - 200
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 8 through 199)D8 - 199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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