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Yorodumi- PDB-5tvm: Crystal structure of Trypanosoma brucei AdoMetDC/prozyme heterodimer -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5tvm | |||||||||
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Title | Crystal structure of Trypanosoma brucei AdoMetDC/prozyme heterodimer | |||||||||
Components | (S-adenosylmethionine decarboxylase ...Adenosylmethionine decarboxylase) x 3 | |||||||||
Keywords | LYASE / allostery / pseudoenzyme | |||||||||
Function / homology | Function and homology information spermine biosynthetic process / adenosylmethionine decarboxylase / adenosylmethionine decarboxylase activity / spermidine biosynthetic process / lyase activity / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Trypanosoma brucei brucei (eukaryote) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.408 Å | |||||||||
Authors | Volkov, O.A. / Chen, Z. / Tomchick, D.R. / Phillips, M.A. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Elife / Year: 2016 Title: Relief of autoinhibition by conformational switch explains enzyme activation by a catalytically dead paralog. Authors: Volkov, O.A. / Kinch, L.N. / Ariagno, C. / Deng, X. / Zhong, S. / Grishin, N.V. / Tomchick, D.R. / Chen, Z. / Phillips, M.A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5tvm.cif.gz | 741.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5tvm.ent.gz | 631.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5tvm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/5tvm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/5tvm | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5tvfC 5tvoSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-S-adenosylmethionine decarboxylase ... , 3 types, 6 molecules ACBDEF
#1: Protein | Mass: 9754.132 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 GUTat10.1) (eukaryote) Strain: 927/4 GUTat10.1 / Gene: Tb927.6.4410, Tb927.6.4460 / Plasmid: pETDuet-1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 References: UniProt: Q587A7, adenosylmethionine decarboxylase #2: Protein | Mass: 32041.992 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 GUTat10.1) (eukaryote) Strain: 927/4 GUTat10.1 / Gene: Tb927.6.4410, Tb927.6.4460 / Plasmid: pETDuet-1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 References: UniProt: Q587A7, adenosylmethionine decarboxylase #3: Protein | Mass: 36343.695 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 GUTat10.1) (eukaryote) Strain: 927/4 GUTat10.1 / Gene: Tb927.6.4470 / Plasmid: pETDuet-1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 References: UniProt: Q587B3, adenosylmethionine decarboxylase |
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-Non-polymers , 3 types, 104 molecules
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | POSTTRANSL |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.6 % / Description: plate |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.9 / Details: 18 % PEG 6000, 0.1 M Bis-tris propane, pH 7.9 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97932 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 14, 2015 |
Radiation | Monochromator: Graphite / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97932 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→50 Å / Num. obs: 57780 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 42 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 15.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.44 Å / Redundancy: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 2801 / CC1/2: 0.6 / % possible all: 97.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5TVO Resolution: 2.408→37.904 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 29.24 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.408→37.904 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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