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Yorodumi- PDB-5tej: Structure of 4-Hydroxy-tetrahydrodipicolinate Reductase from Vibr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5tej | ||||||
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Title | Structure of 4-Hydroxy-tetrahydrodipicolinate Reductase from Vibrio vulnificus with 2,5 Furan Dicarboxylic and NADH | ||||||
Components | 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Lysine Biosynthesis | ||||||
Function / homology | Function and homology information 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / oxidoreductase activity, acting on CH or CH2 groups, NAD or NADP as acceptor / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / NAD binding / NADP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Vibrio vulnificus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Mank, N. / Arnette, K. / Klapper, V. / Chruszcz, M. | ||||||
Citation | Journal: Biochim Biophys Acta Gen Subj / Year: 2021 Title: Comparative structural and mechanistic studies of 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductases from Mycobacterium tuberculosis and Vibrio vulnificus. Authors: Pote, S. / Kachhap, S. / Mank, N.J. / Daneshian, L. / Klapper, V. / Pye, S. / Arnette, A.K. / Shimizu, L.S. / Borowski, T. / Chruszcz, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5tej.cif.gz | 413.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5tej.ent.gz | 340.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5tej.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/5tej ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/5tej | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5tekC 5temC 5tenC 5tjyC 5tjzC 5ugvC 5us6C 1arzS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 0
NCS ensembles :
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 28728.744 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio vulnificus (strain CMCP6) (bacteria) Strain: CMCP6 / Gene: dapB, VV1_0567 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q8DEM0, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase |
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-Non-polymers , 6 types, 270 molecules
#2: Chemical | ChemComp-NAD / #3: Chemical | ChemComp-PG4 / | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-NA / #6: Chemical | ChemComp-PGE / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 50.93 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: Cryostream | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 23, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.49→50.01 Å / Num. obs: 43079 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rsym value: 0.113 / Net I/av σ(I): 16.725 / Net I/σ(I): 7.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1ARZ Resolution: 2.5→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.502 / ESU R Free: 0.245 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 108.03 Å2 / Biso mean: 36.786 Å2 / Biso min: 14.03 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.5→50.01 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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